حضرت آیت‌ا... خامنه‌ای، رهبر معظم انقلاب اسلامی با صدور پیامی درگذشت عالم پرهیزگار و خدمتگزار جناب حجت الاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ محسن حبیبی را تسلیت گفتند.
متن پیام تسلیت رهبر معظم انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم ا... الرحمن الرحیم/ درگذشت عالم پرهیزگار و خدمتگزار جناب حجة الاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ محسن حبیبی رحمةا... علیه را به خاندان محترم و مكرّم ایشان و به همه ارادتمندان و شاگردان و مستفیضان از محضرشان تسلیت عرض می‌كنم. خدمات ارزنده‌ ایشان چه در محیط دانشگاه و چه در مدرسه‌ علمیه مجتهدی (ره) و چه در عرصه‌های عمومی مایه‌ علوّ درجات این روحانی عالیقدر خواهد بود ان‌شاءا....
رحمت و مغفرت الهی برای آن مرحوم و صبر و اجر برای بازماندگان از خداوند متعال مسألت می‌كنم.
سید علی خامنه‌ای/ ۱۵ اسفند ۱۳۹۸