تا قبل از سال 1303، بخش اصلی آموزش افسران نظامی در ایران در خارج از كشور انجام می‌شد و البته برخی مدارس نظامی مانند مدرسه كامران‌میرزا، دارالفنون، مشیرالدوله، دیویزیون قزاق و مدرسه صاحب‌منصبی نیز در كشورمان به آموزش نیروهای مسلح می‌پرداختند. اما در آن سال برای جبران كمبود افسران مورد نیاز ارتش، آموزشگاه ستوانی در عمارت كامرانیه واقع در خیابان امام خمینی (ره) امروزی تشكیل شد. از سال1314 نیز این مركز آموزشی به دانشكده افسری تغییر نام داد و با بهره‌گیری از استادان ایرانی و خارجی به آموزش نیروهای سه‌گانه و نوپای ارتش ایران البته با محوریت تربیت كادر مورد نیاز نیروی زمینی پرداخت. در سال‌های ابتدایی پس از پیروزی انقلاب اسلامی هم دانشكده افسری ارتش، علاوه بر تربیت كادر نیروی زمینی، آموزش نیروهای رسمی هوانیروز و ژاندارمری را نیز برعهده داشت. در سال 67 نیز نام دانشكده افسری به دانشگاه علوم نظامی تغییر پیدا كرد و در سال 70 هم نام دانشگاه افسری برای این محل انتخاب شد. بعد از آن نیز از سال 75 دانشگاه افسری ارتش با دستور رهبر معظم انقلاب به عنوان «دانشگاه افسری امام‌علی(ع)» مزین شد.
دانشجویان پذیرفته‌شده در گزینش‌های علمی، ورزشی و عقیدتی دانشگاه امام علی (ع)، پیش از حضور در دانشگاه، به مدت هشت هفته برای طی دوره رزم مقدماتی به مركز آموزش اعزام می‌شوند و پس از آن نیز به مدت سه سال، دوره‌های آموزشی تعیین‌شده را در این دانشگاه می‌گذرانند. این دانشجویان در چهارمین و آخرین سال تحصیلی خود هم برای گذراندن دروس تخصصی رسته مربوطه به یكی از مراكز مقدماتی نیروی زمینی ارتش اعزام می‌شوند. دانشجویان دانشگاه امام علی (ع) علاوه بر آموزش‌های علمی و سایر آموزش‌های نظامی عادی، باید برای گرفتن مدرك فارغ‌التحصیلی در دو اردوگاه تابستانی به مدت دو ماه و یك اردوگاه زمستانی به مدت 10 روز شركت كنند و دوره‌های رزم در كوهستان، رزم در شرایط ویژه، تكاوری و چتربازی را نیز بگذرانند.
دانشگاه افسری امام علی (ع) از جمله باسابقه‌ترین مراكز آموزشی كشور محسوب می‌شود كه چهار ساختمان قدیمی آن در بین سال‌های 1305 تا 1314 ساخته شده و اكنون به عنوان اثر ملی در فهرست وزارت میراث فرهنگی و گردشگری به ثبت رسیده‌اند. شهید سرلشكر موسی نامجو و شهید سپهبد علی صیاد شیرازی كه خودشان زمانی فرماندهی دانشكده افسری ارتش را برعهده داشتند، از جمله مشهورترین فارغ‌التحصیلان این دانشگاه هستند. علاوه بر آن، شهید سپهبد محمدولی قرنی، شهید سرلشكر ولی‌ا... فلاحی، سرلشكر احمد كشوری، شهید سرلشكر علی اكبر شیرودی و شهید سرلشكر حسن آبشناسان نیز از جمله دانش‌آموختگان این دانشگاه بودند. همچنین سرلشكر علی شهبازی، سرتیپ محمدحسین دادرس، سرلشكر عطاءا... صالحی و سرتیپ محمدرضا آشتیانی از فرماندهان فعلی و پیشین ارتش به همراه سرلشكر عبدالرحیم موسوی، فرمانده كل ارتش و سرتیپ امیر حاتمی، وزیر دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح از جمله دیگر افراد برجسته‌ای هستند كه در دانشگاه امام علی(ع) تحصیل كرده‌اند.