دادستانی كل مصر در توضیحاتی پیرامون نحوه مرگ محمد مرسی گفت: مرسی در داخل قفس اتهام ،از حال رفت و روی زمین افتاد. قرار بود او در دفاع از خود سخنرانی كند اما اجل مهلتش نداد. پزشك قانونی مصر بلافاصله او را مورد معاینه قرار داد و دریافت كه مرسی فوت شده است. جسد او بلافاصله به بیمارستان منتقل شد. گزارش اولیه پزشك قانونی مصر نیز حاكی از آن بود كه مرسی در ساعت 16 و 50 دقیقه و پیش از انتقال به بیمارستان، فوت شده است. در گزارش پزشك قانونی آمده بود كه هیچ علائم جراحت و آسیب‌دیدگی در جسد مرسی دیده نشد.
دكتر محمد مرسی عیسی العیاط (۶۸ ساله) كه دكترای خود را از دانشگاه كالیفرنیای جنوبی و در رشته محافظت از موتورهای فضاپیما اخذ كرده بود پیش از آن‌كه به ریاست جمهوری مصر برسد، ریاست حزب آزادی و عدالت كه زیر نظر جمعیت اخوان‌المسلمین فعالیت می‌كرد را برعهده داشت. وی در تاریخ ۱۰ تیر ۱۳۹۱ به عنوان رئیس‌جمهور انتخاب شد و ۱۲ تیر 1۳۹۲ در اقدامی كه طرفدارانش آن را كودتا توسط «عبدالفتاح السیسی» رئیس‌جمهور كنونی مصر می‌خوانند، بركنار و روانه زندان شد. مرسی طی زندان چندین بار محاكمه و به اتهام‌های مختلف ازجمله قتل معترضان و جاسوسی برای دولت‌های خارجی و فراری دادن هزاران زندانی محكوم شد اما هرگز برای او حكم اعدام صادر نشد. بلافاصله پس از فوت ناگهانی محمد مرسی، حالت آماده‌باش  در مصر اعلام شد. تلویزیون رسمی مصر نیز اعلام كرد مرسی در جلسه دادگاه بیهوش شده و درگذشته است.
​​​​​​​
واكنش اخوانی‌ها 
جماعت اخوان‌المسلمین مرگ محمد مرسی در دادگاه را قتل عمد توصیف كرد. محمد سویدان یكی از رهبران این گروه گفت: «شرایط جسمی وی در جریان بازداشت و بازپرسی‌ها بدتر و به مرگ وی ختم شده است». این گروه نظام مصر را به قتل تدریجی مرسی متهم كرد و مرسی را «شهید» نامید.اخوان در بیانیه‌ای نوشت: «او را در طول پنج سال در سلول انفرادی حبس و از دارو محروم كردند و به وی غذاهای نامناسب دادند و حتی ملاقات با خانواده را برای وی ممنوع كردند. هدف از این اقدامات قتل تدریجی مرسی بود».
عمرو دراج وزیر برنامه‌ریزی و همكاری‌های بین‌المللی دولت سابق مصر نیز در گفت‌وگو با شبكه الجزیره گفت: نسبت به این مرگ مشكوك هستیم و مانند قتل یاسر عرفات، شیوه خاصی برای قتل مرسی به كار رفته است. علی قره‌داغی دبیركل اتحادیه علمای مسلمان و جانشین یوسف القرضاوی نیز نوشت: مرسی نمرد بلكه توسط گروهی ظالم به طور تدریجی كشته شد. پایگاه خبری «عربی ۲۱» متعلق به اخوانی‌ها نیز دیروز در گزارشی با اشاره به درگذشت محمد مرسی تاكید كرد: وجود برخی شواهد و قراین احتمال قتل وی را افزایش می‌دهد. این پایگاه خبری افزود: مرسی در آخرین لحظات در دادگاه قاهره از یك «كیف سری» صحبت می‌كرد كه در آن اسنادی مبنی بر بی‌گناهی او وجود داشت و به ملت مصر نشان می‌داد، چه كسی به آنها خیانت و چه كسی از حقوقشان دفاع كرده است. گفته می‌شود مرسی پیش از این هم خواستار تشكیل جلسه‌ای محرمانه با حضور عبدالفتاح السیسی رئیس‌جمهور كنونی مصر، محمدحسین طنطاوی وزیر دفاع اسبق و سامی عدنان رئیس ارتش اسبق مصر شده بود تا در آن از اطلاعاتی خطرناك برای امنیت ملی مصر پرده بردارد، اما هیات حاكمه بارها این خواسته را رد كرده بودند. منابع نزدیك به اخوان می‌گویند بخشی از این اطلاعات مربوط  به گزارش كمیته حقیقت یاب در خصوص دست داشتن السیسی در قتل معترضان در حوادث انقلاب ۲۵ ژانویه (دی- بهمن) سال ۲۰۱۱ بوده است . عبدالفتاح السیسی پیش از این‌كه علیه مرسی كودتا كند ، وزیر دفاع او بود.
مرگ نابهنگام محمد مرسی در شبكه‌های اجتماعی عرب، به خصوص كاربران مصری نیز بازتاب گسترده‌ای داشت و تعداد زیادی از آنها نظام مصر را عامل این مرگ توصیف كردند. آنها با دیكتاتور و كودتاچی خواندن السیسی وی را عامل قتل مرسی و زندانی شدن هزاران شهروند مصری دیگر دانستند.

سایر  واكنش‌ها 
جنبش حماس نیز كه به نوعی یك جنبش اخوانی به شمار می‌رود درگذشت رئیس‌جمهور سابق مصر را تسلیت گفت. این جنبش در بیانیه‌ای تاكید كرد، مرسی پس از عمری مبارزه در مسیر خدمت به مصر و مسائل امت اسلام و فلسطین و مقابله با دشمن صهیونیستی و دفاع از قدس و مسجدالاقصی، دیده از جهان فروبست. جنبش جهاد اسلامی فلسطین نیز به همراه سایر گروه‌های مقاومت فلسطینی با صدور بیانیه‌ای درگذشت محمد مرسی، رئیس‌جمهور  سابق مصر را تسلیت گفتند .
شیخ تمیم بن حمد آل ثانی، امیر قطر درگذشت محمد مرسی رئیس‌جمهوری سابق مصر را تسلیت گفت. رجب طیب اردوغان، رئیس‌جمهور تركیه نیز كه نخستین شخصیت سیاسی بود كه انتخاب مرسی به ریاست‌جمهوری كشورش را در سال 2012 به وی تبریك گفته بود، روز دوشنبه پیش دستی كرد و در همان ساعات اولیه مرگ مرسی را تسلیت گفت. مرسی در زمان حیات سیاسی خود رابطه بسیار نزدیكی با اردوغان داشت به‌گونه‌ای كه برخی از ناظران این دو شخصیت سیاسی را از نظر اعتقادی بسیار نزدیك به هم ارزیابی می‌كردند. جنبش النهضه تونس نیز كه ریشه‌های اخوانی دارد مرگ محمد مرسی را تسلیت گفت. با این همه سخنگوی وزارت خارجه آمریكا در واكنش به مرگ مرسی گفت: در حال حاضر اظهارنظری در مورد درگذشت مرسی نداریم. سازمان دیدبان حقوق بشر نیز بر لزوم انجام تحقیقات مستقل و بین‌المللی درباره این موضوع توسط سازمان ملل تاكید كرد. سارا لیا ویتسون، مدیر بخش خاورمیانه و شمال آفریقا گفت: درگذشت مرسی، رئیس‌جمهور سابق بعد از سال‌ها سوءرفتار دولت، حبس‌های طولانی مدت در زندان انفرادی، مراقبت‌‎های پزشكی ناكافی و محروم كردن او از دیدار اعضای خانواده و دسترسی به وكیل حادث شده است.  وی افزود: دولت مصر به مدت شش سال حقوق ابتدایی مرسی به عنوان یك زندانی از قبیل مراقبت‌های پزشكی و دیدار اعضای خانواده را از او دریغ كرد، در حالی كه گزارش‌ها نشان می‌داد وضعیت جسمی او رو به وخامت گذاشته است. لیتسون افزود: جدا از این‌كه عقاید و مواضع سیاسی مرسی چه بوده، باید گفت رفتار (دولت مصر) با او وحشتناك بوده و مسببان این رفتار باید مورد تحقیق و محاكمه قرار گیرند.