در اوج موفقیت و شهرت سعید نفیسی در فضای علمی و آکادمیک تاریخ و ادبیات ایران، ادعایی مطرح می‌شود که جامعه علمی و ادبی را در بهت کامل فرو‌می‌برد: «سعید نفیسی؛ استاد برجسته دانشگاه تهران، تعدادی از کتاب‌های نفیس کتابخانه مجلس شورای ملی را به سرقت برده‌است!»
این خبر در کمتر از چند روز به بحث اول محافل ادبی کشور تبدیل می‌شود و به تعبیر دکتر مهدی ماحوزی در آن ایام گفته می‌شد که: «سعید نفیسی آدم نفیسی است و کتاب‌های نفیس هم سرقت می‌کند!»
در کتاب ارج‌نامه عبدالحسین حائری، کتاب‌شناس برجسته به نقل از مصاحبه کیهان‌فرهنگی با او در سال 1366 چنین آمده‌است: «زمانی که من در کتابخانه مجلس مشغول‌بودم، گزارش کرده‌بودند که چندین کتاب از کتابخانه به سرقت رفته‌است و از اتهام‌ها چنین برمی‌آمد که گویا این کار توسط آقای سعید نفیسى انجام شده‌بود. این امر موجب گردید تا دادسراى وقت، قسمت کتاب‎های خطى را مهر و موم کند و به هیچ‌کس اجازه ندهد به کتاب‎ها دست بزند. تا آن زمان مسؤولان وقت هیچ اعتمادی به استاد نفیسی نداشتند، از این رو به من پیشنهاد کردند که مسؤولیت معرفی نسخه‎های خطی را بر عهده بگیرم.»
او چنین ادامه می‌دهد: «هیچ‌کس حق ورود به مخزن را نداشت، اما در مورد آقاى نفیسى یک استثنایى وجود داشت، یعنى ایشان به‌راحتی با چمدان به داخل مخزن رفت‌وآمد می‌كرد. یک روز کتابدار متوجه ‏شد بعضى از کتاب‎ها در جاهایى بریدگى و پاره‌شدگی دارد، به این جهت موضوع را به رئیس کتابخانه گزارش می‌‏دهد. بعد از طى تشریفاتى، مأمورین به خانه ایشان می‌روند و حدود 78 کتاب را که ایشان مخفیانه از کتابخانه خارج کرده‌بود، می‌یابند و به کتابخانه عودت می‌دهند. تقریبا تمام کتاب‎هایی را که آقاى نفیسى به خانه برده‌بود، از آثار منحصربه‌فرد و متون کهن فارسى بود. نحوه عملکرد ایشان هم این‌طور بوده که وقتى کتابى را به خانه می‌برد، جلد آن را عوض می‌کرد و درون آن کتاب دیگرى را تعبیه می‌کرد و دوباره آن را به جاى اولش بازمى‏‌گرداند.»
من تا این لحظه که این متن را می‌نویسم پاسخ مناسبی به این ادعا نشنیده‌ام. البته جایگاه بی‌بدیل سعید نفیسی در ادب و تاریخ ایران هرگز فراموش‌شدنی نیست و ادعاهای این‌چنینی چیزی از شأن بالای علمی و پژوهشی این بزرگمرد تاریخ فرهنگ و ادب نخواهد کاست.