این حواشی هم به دلیل اختلافی است که بین نکونام و علی خطیر، مدیرعامل استقلال وجود دارد. یکی از این جنجال‌ها در مورد گلر سوم استقلال است. چند هفته پیش نکونام اعلام کرد که سینا سعیدی‌فر، گلر سوم این تیم بدون اجازه او به صورت قرضی به شمس آذر قزوین رفته است. بعد از آن مدیران باشگاه استقلال در واپسین ساعات فعالیت پنجره نقل‌وانتقالات تابستانه با محمدجواد کیا به توافق رسیدند؛ دروازه‌بان جوانی که تجربه بازی در تیم‌های پایه استقلال را در کارنامه خود دارد و در سال‌‌‌های گذشته در تیم‌های شهرخودرو مشهد و آلومینیوم اراک سابقه بازی دارد و تصور می‌شد با توجه به جذب کیا که از تجربه خوبی هم برخوردار است و در لیگ قهرمانان آسیا هم به میدان رفته، اختلاف میان نکونام و خطیر کاهش پیدا کند اما این اتفاق رخ نداد. جواد نکونام در واکنش به خرید کیا بدون اطلاع او تصمیم گرفت تا این دروازه‌بان جوان را به تمرین تیمش راه ندهد! تصمیمی که نشان می‌دهد همچنان اختلافات میان نکونام و خطیر پابرجاست و حتی طرفین در زمینه جذب دروازه‌بان سوم هم با یکدیگر اختلافات مشهودی دارند و مطمئنا ادامه این رویه می‌تواند بحران‌های بیشتری برای استقلال ایجاد کند.