از سوی دیگر، خود شعب تأمین اجتماعی هم در بسیاری موارد با اقتضائات و مسائل خاص برآمده از ماهیت شرکت‌های دانش‌بنیان آشنا نیستند. به همین خاطر در سال جاری براساس تفاهم‌نامه شکل‌گرفته میان معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش‌بنیان ریاست جمهوری و سازمان تأمین اجتماعی، کارگروهی برای حل و فصل مسائل مشترک شرکت‌های دانش‌بنیان و سازمان تأمین اجتماعی شکل گرفت. این کارگروه با برقراری تماس با تمام شرکت‌های دانش‌بنیان کشور، وضعیت و مشکلات بیمه‌ای آنها را جویا شد و شرکت‌ها براساس سرفصل مشکلات‌شان دسته‌بندی شدند؛ در ادامه بیش از 2500 جلسه برخط برای حل 6700 مشکل مطرح‌شده شرکت‌ها برگزار شد و براساس نتیجه جلسات، مجددا چالش‌ها غربالگری شد. شرکت‌هایی که مسائل‌شان با جلسات برخط اولیه برطرف نشده بود به جلسات تکمیلی ارجاع داده شدند و مسائلی هم که متوجه سازمان تأمین اجتماعی بود یا با تعامل با این سازمان قابل حل بود، براساس محل استقرار هر شرکت به اداره‌کل تأمین اجتماعی استان مربوطه ارجاع داده شد و جلسات حضوری با حضور شرکت‌های دانش‌بنیان و نمایندگان معاونت علمی در هر استان برگزار شد. این طرح که به گفته کارشناسان این حوزه تاکنون در شش استان کشور به مرحله جمع‌بندی رسیده است، 12 میلیارد تومان بازگشت مالی برای شرکت‌های دانش‌بنیان داشته که برآورد می‌شود با جمع‌بندی سایر استان‌ها از جمله استان تهران تا پایان بهمن، این عدد به 800 میلیارد تومان برسد. حالا قرار است این فرآیند از این پس به شکل خدمتی ثابت در وبگاه دانش‌بنیان در دسترس شرکت‌ها باشد تا شرکت‌ها بتوانند مشکلات بیمه‌ای خود را در سامانه ثبت کنند. پس از آن وارد جلسات آنلاین خواهند شد و براساس نتیجه جلسه آنلاین، سایر مراحل از طریق درگاه ارجاع خواهد شد تا مشکلات بیمه‌ای شرکت‌ها به‌درستی حل و فصل شود.