علاقه زیادش به پرواز باعث شد وارد نیروی هوایی شود و پس از آموزش‌های سخت و تخصصی، به عنوان خلبان جنگنده فانتوم شروع به کار کند. با آغاز جنگ تحمیلی، علی اقبالی‌دوگاهه ازاولین خلبانانی بودکه داوطلبانه در عملیات‌های برون‌مرزی و حساس شرکت کرد. او به دلیل مهارت بالا و جسارت در اجرای ماموریت‌ها، به‌سرعت به یکی از ستون‌های عملیاتی نیروی هوایی تبدیل شد. بسیاری از عملیات‌های مهم هوایی علیه اهداف راهبردی دشمن با هدایت یا حضور مستقیم او انجام شد و نقش موثری در تضعیف توان نظامی ارتش بعث عراق داشت.سرانجام در یکی از ماموریت‌های حساس رزمی، هواپیمای او مورد اصابت قرار گرفت و علی اقبال‌دوگاهه در راه دفاع از استقلال و تمامیت ارضی ایران به شهادت رسید. نام او برای همیشه در تاریخ نیروی هوایی و حافظه ملت ایران جاودانه خواهد ماند.