جلال، جوانی هنرمند و دانشجوی نقاشی، از کودکی با نیلوفر بزرگ شده و علاقه میان آنها به‌مرور به عشقی عمیق تبدیل شده است. نیلوفر نیز دختری نخبه و دانشمند است که در حوزه فیزیک هسته‌ای و پروژه ساخت موتور اتمی فعالیت می‌کند. آغاز جنگ توسط اسرائیل و ترور شماری از دانشمندان هسته‌ای، مسیر زندگی این دو جوان را تغییر می‌دهد. با کشته‌شدن پروفسور مسطور، استاد و مدیر پروژه نیلوفر، او به‌دلیل اطلاعاتی که از پروژه در اختیار دارد، در معرض خطر قرار می‌گیرد. 
نیروهای امنیتی برای حفاظت از نیلوفر و خانواده‌اش، آنها را از تهران خارج کرده و به روستایی امن به‌نام رامیشان منتقل می‌کنند. جلال که حاضر نیست از نیلوفر جدا شود، راهی این روستا می‌شود. همزمان، سه نفوذی وابسته به اسرائیل در جست‌وجوی نیلوفر هستند و ماموریت دارند او را پیدا و ترور کنند. 
 مار در سایه بلوط نوشته محمدعلی سپهر در ۱۵۶صفحه به‌تازگی از سوی انتشارات ۲۷ بعثت منتشر شده است.