باشگاه استقلال تهران در پرونده سوپر جام سرانجام شكست خورد. دادگاه بین‌المللی ورزش استناد كرد به مداركی كه از سوی طرفین ارائه شده و در نهایت به‌دلیل آن‌كه استقلالی‌ها در گذشته تعهد داده بودند در زمان مقرر برگزاری فینال به میدان بروند و نرفتند، جام را به پرسپولیسی‌ها داد تا آبی‌ها به شدت در این ماجرا ضرر كنند. این رای هم برای استقلال ضرر معنوی داشت و هم ضرر مادی. معنوی به این دلیل كه به هر حال هواداران استقلال نزدیك به یك سال و اندی منتظر بودند تا رای به نفع‌شان باشد و در نهایت به ضررشان شد. سیروس دین‌محمدی، پیشكسوت استقلال در این‌باره می‌گوید: به هواداران امید زیادی دادند. كاش از اول می‌گفتند ما این كار را می‌كنیم ولی معلوم نیست نتیجه چه می‌شود. ولی این‌كه مدام می‌گفتند رای به نفع ما خواهد بود، هواداران را امیدوار كرد.
علیرضا نیكبخت، دیگر پیشكسوت باشگاه استقلال هم با انتقاد از این مساله می‌گوید: مدیریت استقلال در یك‌سال گذشته كجا درست عمل كرده كه می‌خواسته درباره این پرونده درست عمل كند؟ الان هم با هیچ حرفی نمی‌شود این اتفاقی را كه افتاده، توجیه كرد. در این یك‌سال آن‌قدر اتفاق بد در استقلال افتاده كه دیگر این چیزها طبیعی شده است. استقلال باید در فینال سوپرجام حاضر می‌شد. البته این جام هم برای پرسپولیسی‌ها طعمی ندارد و ای كاش نتیجه آن در زمین مشخص می‌شد. ولی وقتی فدراسیون و سازمان لیگ برنامه‌ریزی كرده بودند، باید در تاریخ مقرر بازی می‌شد.
مسؤولان سازمان لیگ می‌گویند از مدت‌ها قبل به استقلال و پرسپولیس تاریخ سوپرجام را داده و هر دو طرف نظر موافق خود را برای برگزاری آن اعلام كرده بودند. منتها شفر سرمربی استقلال كه با یك شبكه آلمانی برای تحلیل جام جهانی روسیه قرارداد بسته بود، تمرینات تیمش را دیر آغاز كرد. او تصمیم گرفت تیمش را به اردوی تركیه هم ببرد، همان اردویی كه كلی جنجال و حاشیه داشت. در آن اردو منتظری و حیدری، دو بازیكن استقلال مصاحبه كردند و به انتقاد از مدیریت فتحی كه تازه به استقلال آمده بود، پرداختند. در واقع شفر برای آن‌كه به برنامه‌اش در آلمان برسد، استقلال را به نوعی قربانی سوپرجام كرد. مدیریت استقلال هم به جای آن‌كه فشار را روی شفر بگذارد، به سازمان لیگ فشار آورد كه بازی را در زمان دیگری برگزار كند. نیكبخت در این‌باره توضیح می‌دهد: من نمی‌دانم دقیقا چه اتفاقی افتاد، ولی اتفاق خوبی برای استقلال نبود. بعد از آن اتفاق بدتری افتاد. مدیریت استقلال اگر می‌دانست رای به ضرر آنهاست چرا شكایت كرد و این‌قدر ضرر دید؟
ضرر اصلی را باشگاه استقلال در این ماجرا دیده است. آنها 26 هزار فرانك (حدودا 300 میلیون تومان) به دادگاه كاس دادند تا قضات مختلف وارد گود شوند و رای سازمان لیگ را باطل كنند. اما این تمام هزینه نبود. در این بین چند بار مسؤولان استقلال و همین‌طور وكیل آنها عازم سوئیس شدند تا اسناد و مدارك خود را به دادگاه بین‌المللی ورزش ارائه دهند. دست آخر هم یك تیم چند نفره از استقلال همراه با نمایندگان پرسپولیس و سازمان لیگ عازم ابوظبی شد تا آخرین دفاعیات را انجام دهد. هزینه این سفر هم به عهده استقلال بود. حالا تصور كنید ضرری كه باشگاه در این پرونده دیده، چقدر است؟ قطعا بالای 500 میلیون تومان! این پول هم از جیب باشگاه استقلال رفت و در نهایت این باشگاه ضرر اصلی را دیده است.