یكی از فرازهای مهم زندگی مرحوم آیت‌ا... گلپایگانی، حادثه مدرسه فیضیه است. فرزند ایشان تشریح می‌كند كه در این حادثه چه رخ داده و آیت‌ا... گلپایگانی چطور بعد از این حادثه تمامی اقدامات ساواك را به هیچ می‌انگارد.
شاه در قضیه انجمن‌های ایالتی و ولایتی از علما شكست خورده و عقب‌نشینی كرده بود و قصد داشت كاری كند كه نه تنها در قم، بلكه در سراسر ایران وحشت و رغب از حكومت ایجاد شود. او می‌دید كه پدرش در برابر روحانیت گردن فرازی كرده، ولی حالا او به اصطلاح كم آورده بود! بنابراین سعی كرد از نیروهایی كه در دوره رضاخان، ایجاد رعب و وحشت كرده و سخت به رژیم وفادار بودند، استفاده كند. از جمله از پاكروان كه در قضیه مسجد گوهرشاد نقش اساسی داشت و مردم مشهد را سركوب و حوزه مشهد را تقریبا نابود كرد! اسرائیلی‌ها هم در حكومت شاه نفوذ و با همكاری بعضی از مقامات نظامی ایران، ساواك را طراحی كرده بودند.
وقتی ساواك ترسید
رژیم تصمیم گرفته بود به سه كانونی كه مقوّم دین بودند حمله كند. یكی بازار تهران بود كه مهم‌ترین منبع اقتصادی برای پشتیبانی از حوزه بود، اما مهم‌تر از آن حوزه علمیه قم و فیضیه بود. آن روز حدود 400 مأمور به فیضیه ریختند. من خودم شاهد بودم كه فقط طلاب را می‌زدند و به شخصی‌ها كاری نداشتند! به همین دلیل بعضی از طلبه‌ها لباسشان را عوض كردند و از تعرض آنها مصون ماندند. ما آن روز در طبقه بالای فیضیه بودیم و آقا در طبقه پائین بودند. مأموران دائما وسط حرف‌های منبری و بعد از آن صلوات می‌فرستادند و فضا را به هم می‌ریختند. بالاخره زد و خورد شروع شد. طلبه‌ها از بالای بام، با آجر توی سر مأموران می‌زدند. بعد از مدتی مأموران مسلح ریختند و شروع به تیراندازی كردند و صحن مدرسه پر از كوماندو شد! مردم به حجره‌ها پناه بردند و مأموران به آنها حمله كردند. من خودم دیدم كه پاسبان‌ها از روی پشت‌بام آمدند و تیراندازی كردند. بعد هم آجرها را كندند و به طرف مردم پرتاب كردند. كاملا مشخص بود كه با برنامه‌ریزی قبلی این كارها را می‌كردند. آقا در یكی از حجره‌های پائین بودند و عده زیادی در مقابل حجره ایستاده بودند كه اگر خواستند به آقا تعرضی كنند، جلوی آنها را بگیرند. مأموران وقتی همه حجره‌ها را خالی كردند سراغ حجره‌ای كه آقا در آن بودند آمدند. عده زیادی از جمله مرحوم آقای علوی، آقای حاج آقا علی صافی و عده‌ای از محترمین و نزدیكان، در اطراف آقا بودند كه عده‌ای از آنها مضروب و زخمی شدند، اما به ایشان نتوانستند تعرض كنند. شاید جرأت نمی‌كردند یا ملاحظه عواقب این كار را می‌كردند. اما جسارت و توهین كردند و جلوی روی ایشان، همه را زدند! با تمام اینها، آقا فردای آن روز، تك و تنها برای نماز صبح به حرم مشرف شدند و نماز را در مسجد بالاسر خواندند!
خانه‌ای كه بیمارستان شد
خانه ما هم بعد از این قضیه، تبدیل به بیمارستان شده بود. همه حجره‌های مدرسه خالی شده بودند، لذا خانه‌هایی اجاره شد و طلاب را به آنجا بردند. مرحوم اخوی حاج‌آقا مهدی، در آن روزها در رتق و فتق امور، نقش بسزایی داشت و انصافا خیلی زحمت كشید. به بیمارستان‌ها دستور داده بودند كه افراد زخمی را پذیرش نكنند. آنها یك جوان 18 ساله را از روی پشت‌بام پرت كرده بودند پایین و دست و پایش شكسته بود! او را در هوای سرد، وسط حیاط بیمارستان رها كرده بودند! نه او را به داخل می‌بردند، نه اجازه می‌دادند كسی او را بیرون بیاورد. در آن ایام 60 تومان، شهریه یك ماه یك طلبه بود. حاج‌آقا مهدی به چند نفر 60 تومان داد تا رفتند و آن بنده خدا را با نردبان آوردند بیرون و به منزل آقا آوردند و در آنجا تحت مداوا قرار گرفت. بعد هم رفتند و صاحب عكاسی مهتاب را آوردند تا از این بنده خدا عكس بگیرد! این عكاسی تنها جایی در قم بود كه دستگاه فتوكپی داشت و ما اسناد و اعلامیه‌ها را به آنجا می‌بردیم و كپی می‌گرفتیم. بعدها معلوم شد كه او مأمور ساواك بوده و یك كپی از آنها را به ساواك می‌داده است!