اصغر فرهادی و داریوش مهرجویی بزرگ‌ترین غایبان جشنواره فجر سی و نهم هستند. فرهادی بعد از «جدایی نادر از سیمین» فیلم‌هایش را در جشنواره کن رونمایی می‌کند و احتمال قریب به یقین برای «قهرمان» هم چنین برنامه‌ای دارد.
مهرجویی اما هیچ‌گاه رابطه بدی با جشنواره فجر نداشت و نمی‌توان برخوردهای بنیاد فارابی با فیلم «لامینور» را در غیبت دوساله کارگردان «هامون» در جشنواره فجر بی‌تاثیر دانست.
وحید جلیلوند دیگر غایب بزرگ جشنواره امسال است. «شب، داخلی، دیوار» به دلیل توقف‌ها و طولانی شدن فیلمبرداری به جشنواره فجر نرسید و احتمالا پیش از جشنواره سال آینده در یک جشنواره جهانی رونمایی می‌شود و همین مساله ممکن است حضورش در جشنواره فجر سال بعد را هم منتفی کند. غافلگیری فهرست اما غیبت شهرام مکری بود. مانع قانونی «جنایت بی‌دقت» بعد از موفقیت در جشنواره‌های ونیز و شیکاگو برای حضور در جشنواره فجر برداشته شده بود اما مکری ترجیح داد فیلمش را به جشنواره فجر ندهد. شهرام مکری روز گذشته گفته بود فیلم‌هایش با سلیقه حاکم با جشنواره فجر در این سال‌ها همخوانی
نداشته است  «مجبوریم» و «دشت خاموش» دو فیلمی هستند که به شکل عجیبی سال گذشته توسط هیات انتخاب رد شدند اما بلافاصله در جشنواره‌های معتبر جهانی پذیرفته شدند. جشنواره فجر اما حاضر نشد مانع قانونی حضور این فیلم‌ها را بردارد تا رضا درمیشیان و احمد بهرامی هم فرم پر نکنند.
«بندربند» منیژه حکمت، «اورکا» سحر مصیبی و «جوجه تیغی» مستانه مهاجر دیگر فیلم‌های مطرحی هستند که فرم جشنواره را پر نکرده‌اند و هنوز علت غیبت‌شان مشخص نیست.
 چند نکته
نوروزبیگی از تهیه‌کننده های پرکار امسال است که فیلم‌های روشن، بی همه چیز،آهنگ دو نفره و آهو را به جشنواره فرستاده است. امسال و در این دوره از جشنواره از فهرست 110 فیلم اعلام شده حدود 10 کارگردان قدیمی‌تر یا شاخص حضور دارند و اغلب فیلمسازان جوان هستند. با این اوصاف امسال احتمالا بخش نگاه نو در جشنواره نخواهیم داشت.
بیش از 50 فیلم از فیلم‌های جشنواره از فیلم‌های کمدی بزن و بکوبی و
کم ارزش یا فیلم‌هایی هستند که حتی در صورت باز شدن سینماها موفق نمی‌شوند رنگ پرده را ببینند.
امسال حتی کارگردان جدی سازی مثل مهدویان هم به فکر ساخت فیلم کمدی افتاده است و شیشلیک را ساخته است.
جمشید هاشم‌پور از بازیگران پرکار امسال است و پنج فیلم را در کارنامه دارد. او در شیشلیک مهدویان هم ایفای نقش کرده است. لب خط، برای مرجان، روز ششم، گیجگاه هم چهار فیلم دیگر او هستند.