یکی از ویژگی‌های بودجه‌های سالانه لزوم همخوانی و هماهنگی آنها با برنامه‌های بلندمدت کشور است. موضوعی که می‌توان سند چشم‌انداز 20ساله و سیاست‌های ابلاغی اقتصاد مقاومتی را بخشی از برنامه‌ها و اسناد بالادستی کشور در حوزه برنامه‌ریزی دانست. از این رو برنامه‌های توسعه پنج ساله به‌عنوان نوعی برنامه میان‌مدت و بودجه‌های سالانه به‌عنوان برنامه کوتاه‌مدت باید در راستای تحقق اسناد بالادستی نظام تعریف شود. این در حالی است که بودجه سال 1400 به‌عنوان برنامه کوتاه‌مدت یک‌ساله نباید در تناقض یا تضاد با برنامه‌ها و اسناد بالادستی خود مانند سند چشم‌انداز 20ساله، برنامه ششم توسعه و سیاست‌های اقتصادمقاومتی، قرار گیرد. این در حالی است که برخی موارد ذکر شده در لایحه بودجه 1400 در تناقض آشکار با سیاست‌های اقتصاد مقاومتی است که در ذیل به دو مورد از آن اشاره می‌شود:
 در حالی در بند هفدهم سیاست‌های اقتصاد مقاومتی اصلاح نظام درآمدی دولت با افزایش سهم درآمدهای مالیاتی مطرح است که در لایحه بودجه 1400 این موضوع یعنی افزایش سهم درآمدهای مالیاتی در بودجه عمومی به‌هیچ‌وجه دیده نمی‌شود. افزایش رقم درآمدهای مالیاتی از رقم 195 هزار میلیارد تومان در سال 99 به عدد 247 هزار میلیارد تومان در سال 1400 نشان‌دهنده افزایش تقریبا 27 درصدی درآمدهای مالیاتی در سال 1400 نسبت به سال 99 است که می‌توان این میزان افزایش را صرفا به‌واسطه تورم ساختاری در اقتصاد ایران دانست. در واقع آنچه تحت عنوان درآمدهای مالیاتی در لایحه بودجه 1400 ذکر شده عملا به معنای عدم تغییر ساختار درآمدهای مالیاتی در سال 1400 است. حتی بند درآمدهای حاصل از مالیات بر خانه‌های خالی که درآمدزایی حداقل 5000 میلیارد تومانی از این طریق پیش‌بینی می‌شود، در لایحه بودجه رقم 200میلیارد تومان در نظر گرفته شده که عملا به معنای عدم اجرای آن در سال آینده است.
 بند هجدهم سیاست‌های اقتصاد مقاومتی در حالی درباره افزایش سالانه سهم صندوق توسعه ملی از منابع حاصل از صادرات نفت و گاز تا قطع وابستگی بودجه به نفت است که روند بودجه‌های سالانه ازجمله لایحه بودجه 1400 نه‌تنها در آن سهم صندوق توسعه ملی براساس برنامه ششم افزایش نداشته، بلکه سهم 38درصدی آن در سال 1400 به 20 درصد کاهش یافته است. موضوع دیگر علاوه بر عدم افزایش سهم صندوق توسعه ملی از درآمدهای نفتی تا قطع وابستگی بودجه به نفت، هدایت منابع صندوق به فعالیت‌هایی است که اصولا در وظایف صندوق توسعه ملی تعریف نشده است. برای مثال در حالی که منابع صندوق باید به سمت ایجاد و گسترش فعالیت‌های بخش خصوصی سوق داده شود به سمت فعالیت‌هایی می‌روند که باید هزینه‌های آن از طریق بودجه‌های عمرانی تامین شود، اما به‌دلیل وجود کسری بودجه و عدم تخصیص بودجه‌های عمرانی، این پروژه‌ها برخلاف ماهیت صندوق توسعه از طریق منابع این صندوق توسعه تامین می‌شوند.