بهار 1359 بود. هنوز حال و هوا و التهابات انقلاب و وقایع سیاسی نخوابیده بود كه پیام منتشر شده از امام خمینی(ره) خیلی‌ها را متعجب كرد. امام در همان اولین ساعات پس از تحویل سال در فروردین 59 و اولین روز عید با انتشار پیامی خواستار انقلاب اساسی در دانشگاه‌های سراسر كشور و تصفیه اساتید مرتبط با شرق و غرب شده بود. 85 روز بعد بود كه پس از دیدار مقدماتی شورای انقلاب با بنیانگذار جمهوری اسلامی و در ادامه هم برچیده شدن دفاتر گروهك‌های مختلف سیاسی در دانشگاه‌ها، با دستور امام خمینی(ره) سنگ بنای جایگاهی گذاشته شد كه امروز به نام شورای‌عالی انقلاب فرهنگی شناخته می‌شود: «ستاد انقلاب فرهنگی.»
وظیفه ابتدایی ستاد انقلاب فرهنگی، تعیین سیاست‌ها و خط مشی‌های كلی فرهنگی در دانشگاه‌ها بود. با این حال در شهریور سال ۶۲ با توجه به نظر امام(ره) مبنی بر لزوم ترمیم و تقویت ستاد و به خصوص حضور مسؤولان اجرایی در آن و به دنبال نامه رئیس‌جمهور وقت (آیت‌ا... خامنه‌ای)، امام(ره) طی نامه‌ای به پیشنهاد رئیس‌جمهور مبنی بر ترمیم و تكمیل ستاد انقلاب فرهنگی پاسخ دادند و از این تاریخ ستاد با تركیب جدید به فعالیت خود ادامه داد. نخست‌وزیر، وزرای فرهنگ و آموزش عالی و فرهنگ و ارشاد اسلامی از كسانی بودند كه به تركیب اضافه شدند. در سال 63 با فرمان امام(ره)، نقش‌های شورا هم گسترده‌تر شد: «خروج از فرهنگ بدآموز غربی و نفوذ و جایگزین شدن فرهنگ آموزنده اسلامی، ملی و انقلاب فرهنگی در تمام زمینه‌ها در سطح كشور آن چنان محتاج تلاش و كوشش است كه برای تحقق آن سالیان دراز باید زحمت كشید و با نفوذ عمیق ریشه‌دار غرب مبارزه كرد.» تكمیل و تصحیح این مرتبه ستاد توسط امام خمینی(ره)، تبدیل همان مسیری است كه در ادامه توسط حضرت آیت‌ا... خامنه‌ای هم پیگیری شد تا جایی كه این شورا از دید رهبر انقلاب به عنوان قرارگاه اصلی فرهنگی كشور معرفی می‌شود.