درباره گرایش‌های سیاسی آیت‌ا... العظمی سیدمحمد شاهرودی كمتر سخن رفته است. در این باره نظر فرزند ایشان را پرسیدیم و او ضمن طرح خاطره‌ای به این سؤال پاسخ داد. آیت‌ا... شاهرودی تعریف می‌كند: در نجف در بیت مرحوم جد ما آیت‌ا... العظمی سیدمحمود شاهرودی، مجالس استفتاء تشكیل می‌شدند. این جلسات از یك ساعت پس از غروب شروع می‌شدو گاهی تا چهار پنج ساعت ادامه پیدا می‌كرد. یك بار آخر شب و جلسه تمام شده بود و حضار متفرق شده بودند. مرحوم جد و مرحوم والد ما در بیرونی ـ این روزها می‌گویند دفتر ـ حضور داشتند كه در را می‌زنند و آیت‌ا... العظمی خویی همراه با آقای سیدمحمد شیرازی وارد می‌شوند.
همه حیرت می‌كنند كه آن وقت شب چه اتفاق مهمی پیش آمده كه آیت‌ا... خویی آمده‌اند؟ مرحوم سیدمحمد شیرازی در آن زمان طرفدار نهضت امام بود. به او خبر رسیده بود كه در قم امام خمینی(ره) دستگیر شده‌اند و احتمال دارد برای ایشان محاكمه صحرایی انجام و در نهایت اعدام شوند. او بلند می‌شود و می‌آید نجف خدمت آیت‌ا... خویی. آیت‌ا... خویی در آن زمان طرفدار نهضت امام بودند و به اعتقاد من، تا آخر هم طرفدار نهضت باقی ماندند كه البته این موضوع بحث دیگری می‌طلبد. به هر حال آن دو همراه با آیت‌ا... العظمی سید محمود شاهرودی و مرحوم والد، به منزل آیت‌ا... العظمی حكیم در كوفه در كنار شط می‌روند. آقای حكیم در آن وقت شب، قرص خورده و خوابیده بودند. به هر حال خبر را به ایشان می‌دهند و یك جلسه پنج نفری تشكیل می‌شود. آن روزها بعثی‌ها نبودند و رابطه مراجع با حكومت عراق، نسبتا‌خوب بود.
تصمیم گرفته می‌شود كه از طریق مراجعه به ریاست جمهوری عراق در بغداد، تلاش كنند قضیه را از طریق دولتی و حكومتی حل كنند. مرحوم والد جزئیات بحث‌هایی را كه صورت گرفته بود نقل نكردند، ولی گفتند: آقای حكیم اطمینان داده بود آیت‌ا... خمینی را نخواهند كشت! در آن جلسه جد ما مرحوم آیت‌ا...‌العظمی سید محمود شاهرودی فرموده بودند: «ما دیر جنبیدیم، نواب را كشتند، نكند سید را هم بكشند!» منظورشان شهید سید‌مجتبی نواب صفوی، بنیانگذار فداییان اسلام بود كه داستان ارتباطش با مرحوم جد را برایتان خواهم گفت.
به هر حال آقای حكیم این اطمینان را می‌دهند. با این همه مرحوم جد قانع نمی‌شوند و می‌گویند: نكند دولت ایران، سید را به شهادت برساند، لذا خودشان مستقلا تصمیم می‌گیرند و تلگراف بلندبالایی به شاه زدند. یادم هست آن زمان كه این تلگراف را در یك كاغذ A4 چاپ كرده بودند، یعنی بیشتر از دو‌سوم كاغذ پر شده بود. بخشی از این تلگراف به‌دست آمده و در زندگینامه آیت‌ا... شاهرودی به روایت ساواك چاپ مركز اسناد انقلاب اسلامی چاپ شده است. در این تلگراف آیت‌ا... شاهرودی روی مرجعیت امام خمینی تأكید كردند، چون طبق قانون اساسی ایران، مراجع مصونیت داشتند.
دو سه ماه بعد از این جریان در خدمت مرحوم والد، خانوادگی به ایران آمدیم. پدرم حدود 70 تا از تلگراف مرحوم جدمان را كه چاپ شده بود، با خود آورده بودند كه نمی‌دانم به چه كسانی دادند. فقط می‌دانم كه یكی از آنها را به حجت‌الاسلام شیخ محمد معین القربایی‌خراسانی‌نیشابوری ـ كه از مقلدان جد ما  بود و سابقه‌اش به فداییان اسلام و همراهی با نواب صفوی برمی‌گشت، دادند. بخش زیادی از كسانی كه با نواب صفوی همراهی می‌كردند، مقلد آیت‌ا... شاهرودی بودند. خود او هم همین‌طور. ایشان این نسخه از تلگراف را با خودش به تهران می‌برد. امام در آن مقطع در خانه‌ای در قیطریه در حصر بودند. ایشان می‌رود و به نگهبان‌ها می‌گوید كه از آیت‌ا... شاهرودی نامه دارد و باید به امام بدهد. آنها می‌پذیرند. ایشان می‌رود خدمت امام و نسخه‌ای از تلگراف می‌دهد و می‌گوید كه این تلگراف برای شاه فرستاده شده است. امام هم متقابلا به آیت‌ا... شاهرودی بزرگ سلام می‌رسانند و از ایشان تشكر می‌كنند.