سال تحصیلی جدید از نیمه شهریور به طور رسمی آغاز می‌شود كه نحوه بازگشایی و فعالیت مدارس در پروتكلی كه مطابق شرایط تنظیم شده، درج شده‌است. بخشی از این دستورالعمل مربوط به نحوه ضدعفونی كردن فضای مدرسه و رعایت بهداشت در خوابگاه‌های مدارس شبانه‌روزی است، موضوعاتی كه ذهن خانواده‌ها به‌شدت درگیر آن است. بخش دیگر نیز مربوط به آموزش‌هایی است كه باید به دانش‌آموزان داده‌شود تا بتوانند دست به خود مراقبتی بزنند. این بخش از پروتكل مربوط به بازگشایی مدارس تا چند روز آینده در جلسه‌ای نهایی و ابلاغ می‌شود، بخشی كه حفظ سلامت دانش‌آموزان در محیط مدرسه منوط به رعایت آن است.
در این دستورالعمل پیش‌بینی شده است كه قبل از حضور دانش‌آموزان باید محیط مدرسه ضدعفونی شود؛ اما در برخی فضاها به واسطه تماس‌های مكرر همچون سرویس‌های بهداشتی و آبخوری ضدعفونی‌ها باید به تناوب صورت بگیرد. این كار نه با عدد كه به تناسب فضای موجود و استفاده مكرر از آن در این پروتكل تعیین شده‌است.
نحوه اجرای این پروتكل هم به عهده مدیریت مدارس و انجمن اولیا و مربیان گذاشته‌شده كه باید از طریق عوامل اجرایی مدرسه از جمله واحدهای خدماتی صورت بگیرد. البته باید به این نكته هم توجه داشته‌باشیم كه در برخی مدارس به لحاظ نیروهای خدماتی دچار كمبود هستیم و لازم است از طریق انجمن اولیا و مربیان، كار را به صورت ستادی و مركزی انجام بدهیم.
مواد ضدعفونی‌كننده و شوینده‌هایی كه استانداردهای لازم را از سازمان غذا و داروی وزارتخانه بهداشت و درمان دارند برای ضدعفونی مدارس استفاده می‌شود. نظارت بر حسن اجرای این شیوه‌نامه نیز به عهده كارشناسان وزارت بهداشت و البته كارشناسان آموزش و پرورش است و قرار است از ظرفیت نهادهایی همچون شهرداری یا بسیج نیز استفاده شود؛ یعنی دو نهادی كه خود نیز در استان‌ها اعلام آمادگی كرده‌اند، چه از لحاظ تامین مواد لازم و چه از بابت انجام فرآیند ضدعفونی مدارس.
 البته این همكاری‌ها در استان‌های مختلف متفاوت است. در این موضوع اما همكاری خانواده‌ها نقش اساسی و مهمی دارد. هرقدر هم در موضوع بازگشایی مدارس بخواهیم دستوری عمل كنیم، اما راهنمایی و همكاری خانواده‌ها در اجرای این شیوه‌نامه نقش بسیار مهمی دارد چرا كه بسیاری از مدارس ناخواسته محدودیت‌هایی دارند. به عنوان مثال چه بخواهیم چه نخواهیم برخی فضاهای فیزیكی در مدارس استاندارد نیست، ضمن این‌كه كنترل حضور بچه‌ها در این فضاها كار را كمی با مشكل رو به‌رو می‌كند. همین است كه كمك خانواده‌ها در اجرای این شیوه‌نامه می‌تواند مهم جلوه كند.
 سعی كردیم در برخی موارد همچون مدارس استثنایی تراكم كلاس‌ها را كاهش بدهیم. در كلاس‌های متراكم‌تر هم سعی كردیم رعایت فاصله فیزیكی را بر اساس مساحت كلاس‌ها تنظیم كنیم. به عنوان مثال یك كلاس 20 متری را با 24 دانش‌آموز تشكیل ندهیم.