با وجود این که محققان اعلام کرده‌اند آزیترومایسین به‌تنهایی خطری برای سلامت قلب نداشته و تأثیری در افزایش حملات و بروز سکته‌های قلبی ندارد، اما نمی‌توان از عوارض جانبی احتمالی که ممکن است در بیماران بروز کند، صرف نظر کرد و افراد باید با آگاهی از آنها، نسبت به مصرف این آنتی‌بیوتیک پرحاشیه اقدام کنند.
ریتم غیرعادی قلب: در برخی افراد، آزیترومایسین ممکن است باعث ریتم غیرعادی قلب شود. اگر پیش از این سابقه بروز مشکل در ریتم قلبی داشته‌اید یا اگر داروهایی مصرف می‌کنید که روی تنظیم این ریتم قلبی تأثیر می‌گذارد، احتمال بروز این ریتم غیرعادی افزایش می‌یابد. این خطر در سالمندان هم بسیار بالاست. این بر هم خوردن ریتم طبیعی قلب مسأله خطرناکی است و در بعضی موارد ممکن است حتی کشنده باشد. اگر از نظر قلبی دچار مشکل هستید، حتما پیش از آن که پزشک داروی آزیترومایسین را برایتان تجویز کند، او را از بیماری خود و تمام داروهایی که مصرف می‌کنید، آگاه کنید.
اسهال‌های هشداردهنده: تقریبا تمام آنتی‌بیوتیک‌ها از جمله آزیترومایسین ممکن است باعث بروز اسهال شوند. این دارو هم از این امر مستثنی نیست و باعث بروز اسهال‌های خفیف تا التهاب‌های شدید در روده بزرگ می‌شود که حتی خطر مرگ را به دنبال دارد. در صورت بروز اسهال‌های شدید یا اسهالی که پس از توقف مصرف دارو هم ادامه دارد، حتما پزشک خود را در جریان این مشکل قرار دهید.
مشکلات کبدی: این دارو در موارد نادر می‌تواند باعث بروز مشکلات کبدی شود. اگر از قبل سابقه ابتلا به بیماری کبدی داشته‌اید، مصرف آزیترومایسین می‌تواند مشکلات شما را شدیدتر کند. هنگام مراجعه به پزشک و پیش از تجویز دارو، بیماری کبدی خود را به پزشک اطلاع دهید تا هنگام درمان با آزیترومایسین، عملکرد کبدی شما را هم تحت کنترل داشته‌باشد. به این ترتیب در صورت بروز مشکل در کبد شما، پزشک دارو را قطع خواهد کرد.