كار كردن در تیم‌های استارتاپی می‌تواند جذابیت‌های زیادی داشته باشد. شناور بودن زمان كار، نبودن سلسله مراتب و پویایی محیط از مزایای كسب‌وكارهای نوپا است. اما كار كردن در كسب‌وكارهای نوپا مشكلاتی را نیز به همراه دارد كه اگر با آنها به صورت آگاهانه برخورد نشود، آسیب‌های جدی در محیط كسب‌وكار بوجود می‌آورند. بعضی از این مشكلات عبارتند از:
نبودن امنیت شغلی: به گزارش فوربس فقط ۱۰درصد كسب‌وكارهای نوپا‌ به موفقیت می‌رسند و باقی شكست می‌خورند. این شكست فضای عدم قطعیتی را برای تیم‌ها ایجاد می‌كند. امنیت شغلی در كسب‌وكارهای نوپا وابسته به موفقیت خود شركت‌ است. اگر مدل كسب‌وكاری شركتی نوپا كار نكند یا امكان رقابت با سایرین را نداشته باشد از دور خارج می‌شود و این شكست به معنای ناتوانی در اداره كردن كسب‌وكار و از هم پاشیدن تیم است. طبعا چنین شرایطی ممكن است برای خیلی از كسب‌وكارهای نوپا‌ پدید آید و اعضای تیم شغل خود را از دست بدهند.
نبودن وظیفه مشخص: در یك محیط استارتاپی ممكن است كارها به صورت ناهموار توزیع شوند و كار از پیش تعریف‌شده‌ای برای اعضای تیم وجود نداشته باشد. برعكس یك سازمان سنتی، در كسب‌وكارهای نوپا مرز دقیقی بین كارها وجود ندارد و اعضای تیم فنی اغلب می‌توانند به جای همدیگر ایفای نقش كنند. محدودیت منابع سبب می‌شود كسب‌وكارهای نوپا‌ مایل به همكاری با افراد همه‌كاره (full stack) باشند تا در زمان لازم در نقش‌های مختلف مشغول به كار شوند.
محیط تخت ناكارآمد: تیم‌های استارتاپی معمولا در محیط‌های تخت فعالیت می‌كنند. این محیط‌ها فضاهایی بدون تقسیم‌بندی و اتاق‌های متعدد است و همه بدون سلسله‌مراتب مشخصی پشت میزهای یكسان می‌نشینند. از مزیت‌های مهم این فضاها ارتباطات آسان افراد و انعطاف‌پذیری بالای محیط است. در چنین فضایی اگر ارتباطات بین افراد ضعیف باشد ممكن است چالش‌های كوچك به درگیری‌های جدی منجر شود. اگر افراد تیم اخلاق حرفه‌ای نداشته باشند و به بلوغ كاری نرسیده باشند، محیط كاری خیلی زود به فضایی نامنظم، آزاردهنده و ناكارآمد تبدیل خواهد شد. یكی دیگر از مشكلات فضاهای تخت، شلوغی احتمالی و عدم سازماندهی است و احتمالا در چنین فضایی، تمركز كردن سخت خواهد بود.

از دست رفتن چابكی: تیم‌های کسب و کارهای نوپا معمولا شروع خوبی دارند، اما نمی‌توانند تا حصول نتیجه کار را به خوبی ادامه دهند. اشتیاق اولیه تیم‌ها به مرور كمرنگ می‌شود و مشكلات كاری بین افراد فاصله می‌اندازد. كم‌كم افراد تیم آرزوهایشان را به فراموشی می‌سپارند و انرژی اولیه تیم تمام می‌شود. در چنین حالتی تیم نمی‌تواند به خوبی روزهای اول كار كند و سرعت خود را از دست می‌دهد. همچنین یافتن مسیر درست و تحلیل شرایط با پیشرفت كار پیچیده می‌شود و سردرگمی را برای اعضای تیم به ارمغان می‌آورد. نتیجه چنین اتفاقی از دست رفتن چابكی تیم - كه مهم‌ترین سرمایه كسب‌وكارهای نوپاست - خواهد بود.
توازن كار و زندگی: افرادی كه در كسب‌وكارهای نوپا مشغول به كارند، اغلب نمی‌توانند میان كار و زندگی‌شان توازن برقرار كنند. آنها ساعات طولانی به كار مشغولند و حتی در زمان استراحت نیز به كارشان فكر می‌كنند. نبود توازن میان ساعات كاری و زندگی شخصی و استراحت فردی آسیب‌های جبران‌ناپذیری به افراد خواهد زد. كار مدوام بدون تفریح می‌تواند در روحیه افراد نیز تاثیر بگذارد و آنها را پرخاشگر یا عصبی كند. یكی از عوامل، ساعت كاری شناور در كسب‌وكارهای نوپا‌ست. به عنوان مثال بسیاری از برنامه‌نویس‌ها ساعات پایانی شب را به كار كردن اختصاص می‌دهند و این مساله ممكن است روی زندگی فردی و اجتماعی آنها اثرات منفی بگذارد.