یکی دیگر از کارهای ضروری پاییز در باغ و باغچه پیگیری وضعیت آفات و بیماری‌هایش است. اگر شما گیاهان‌تان را بهار یا تابستان رصد کرده باشید و متوجه وجود آفت و بیماری شده باشید، لازم است در پاییز اقداماتی لازم
برای کنترل آنها انجام دهید.  کنترل شیمیایی را بگذارید برای مرحله آخر، قبل از هر چیز به بهداشت باغ رسیدگی کنید؛ کاری که در مرحله هرس به آن اشاره کردم. علاوه بر آن مثلا اگر تنه یکی از درختان یا درختچه‌هایتان پوسیده حتما آب آبیاری آن را از دیگر بوته‌ها جدا کنید.  مبارزه با هر علف هرزی باتوجه به سیکل زندگی‌اش باید قبل از ریزش بذر آن صورت بگیرد که معمولا در بهار این اتفاق می‌افتد. اگر در انجام آن سهل‌انگاری کرده‌اید شخم پاییزه باغچه می‌تواند به ریشه‌کنی آنها  یا دست‌کم، کم شدن جمعیت‌شان کمک کند.