یکی از درخشان‌ترین آثار استاد لوریس چکناواریان، اپرای رستم و سهراب است. رستم‌ و سهراب اپرایی تک‌پرده‌ای ساخته لوریس چکناواریان است که براساس داستان رستم و سهراب در شاهنامه فردوسی ساخته شده ‌‌است.  چکناواریان کار روی این اپرا را پس از دریافت کمک‌هزینه‌ای از کارل ارف در زالتسبورگ، اتریش آغاز کرد. ساخت رستم و سهراب ۲۵ سال به طول انجامید و در نهایت پس از ۱۵ سال از پایان تصنیف آن به رهبری لوریس چکناواریان و با تک‌خوانی دریا دادور در نقش تهمینه در تالار وحدت  تهران اجرا شد.
اجرای این اپرا حدود ۲ ساعت و ۲۰ دقیقه زمان می‌برد. خود چکناواریان درباره این اپرا می‌گوید: «از بچگی با موسیقی شیرخدا بزرگ شده و عاشق موسیقی او بودم. از سوی دیگر در خیابان منوچهری دسته‌های عزاداری امام حسین(ع) زیاد بودند و موسیقی هیات‌ها من را بسیار به وجد می‌آورد و واقعا آن موسیقی را دوست داشتم. در کنارش موسیقی کلیسا هم در زندگی من بسیار مهم و تاثیرگذار بود به همین دلیل رستم و سهراب تلفیقی از این موسیقی‌هاست.
جنگ پدر و پسر بر اساس زورخانه، تشییع جنازه بر اساس محرم و عاشقانه‌اش بر اساس کلیساست. فرهنگ موسیقی من بر این سه اساس است و کمتر از موسیقی سنتی ایران استفاده کرده‌ام. نکته جالبی درباره رستم و سهراب وجود داشت. در ایران به غیر از استاد خالقی همه مخالف نوشتن اپرای رستم و سهراب توسط من بودند به همین دلیل به اتریش رفتم. «کارل ارف» که جزو مطرح‌ترین موزیسین‌های زمان خودش بود وقتی متوجه داستان شد به‌شدت از من حمایت کرد و تمام امکانات را در اختیار من گذاشت تا این اپرا را در اتریش بنویسم.» او در جایی درباره طولانی‌بودن زمان این اپرا این‌چنین گفته است: «وقتی قرار شد این اپرا را اجرا کنم دست‌اندرکاران وقت از من پرسیدند این اپرا چقدر زمان می‌برد که گفتم دو ساعت و بیست دقیقه. آنها تعجب کردند و به من گفتند با این زمان طولانی کسی در سالن نمی‌ماند به‌ویژه این که نمی‌خواهی در میانش آنتراک بدهی. من قبول نکردم که آن را کوتاه کنم. شب اجرا فرا رسید و سالن پر شده بود. مشغول رهبری اپرای رستم و سهراب شدم و در میانه‌های اجرا دیگر صدایی نمی‌شنیدم. احساس می‌کردم جمعیت به خانه‌هایشان رفته با وجود این به کارم ادامه دادم. وقتی تمام شد دستم را پایین آوردم و همچنان سکوت مطلق حاکم بود اما ‌یک‌باره دیدم سالن منفجر شد. آنگاه متوجه شدم کسی نرفته و همه تا آخرین لحظه اجرا را دنبال کرده‌اند. این بزرگ‌ترین هدیه‌ای بود که دریافت کردم؛ البته همان شب وقتی اجرا تمام شد می‌خواستم به هتل برگردم که دیدم بیرون ۳۰۰ نفر منتظر مانده‌اند تا امضا بگیرند. این استقبال به‌گونه‌ای بود که فکر کردم خدا می‌خواهد به من بگوید خسته نباشید.»