رهبر انقلاب در حکمی هیات امنای موسسه آموزشی پژوهشی امام خمینی را تشکیل دادند. متن حکم حضرت آیت‌ا... خامنه‌ای به شرح ذیل است:
بسم ا... الرحمن الرحیم
موسسه آموزشی پژوهشی امام خمینی رحمه‌ا... علیه، یادگار ارزنده و پر برکت عالم فقیه و مجاهد مرحوم آیت‌ا... مصباح یزدی است. برکات این مؤسسه مبارک باید بر اساس اهداف ترسیم شده به وسیله خود آن عالم فقید دنبال شود.
بدین منظور لازم است هیأت امنائی متشکل از حجج اسلام آقایان حاج شیخ محمود رجبی، حاج شیخ غلامرضا فیاضی، حاج شیخ محمود محمدی‌عراقی، حاج شیخ علی مصباح یزدی و حاج شیخ مجتبی مصباح یزدی تشکیل گردد و مدیریت آن به تبعیت از تشخیص و تصمیم مرحوم آیت‌ا... مصباح بر عهده حجت‌الاسلام آقای حاج شیخ محمود رجبی بوده باشد. توفیقات حضرات آقایان را از خداوند متعال خواستارم./ سید علی خامنه‌ای، ۹۹/۱۱/۱۹