فیروزآبادی که نه ارتشی بود و نه سپاهی، لباس فرم بسیج را بر تن کرد و آیت‌ا... خامنه‌ای نیز در جریان بازدید از ستاد فرماندهی کل قوا در 21 اسفند 68 در این باره فرمودند: «هدف از تهیه لباس فرم برای بسیج به هیچ وجه به معنای ایجاد یک سازمان سوم رزمی در مقابل ارتش و سپاه نیست بلکه ما به این ترتیب انجام وظایف معین یک نظامی، توسط یک فرد غیرنظامی را ارج نهاده و قصد داریم آن‌را مورد توجه خاص قراردهیم.» سرلشکر فیروزآبادی علاوه بر ریاست ستادکل و حضور در شورای عالی امنیت‌ملی، با حکم رهبری به عضویت در مجمع تشخیص مصلحت نظام نیز درآمد و سال 79 به لحاظ ایفای نقش موثر در پشتیبانی از دفاع مقدس و اعتلای کلمه اسلام و پاسداری انقلاب و حفظ میهن اسلامی ایران، مفتخر به اخذ نشان درجه‌یک «نصر» از دستان رهبر انقلاب شد. سال 87 نیز بر اساس اصل 129 قانون‌اساسی جمهوری اسلامی ایران و به دلیل قدردانی از لیاقت، شایستگی و اهتمام ارزنده در حفاظت از آرمان‌های مقدس انقلاب اسلامی و حفظ کیان کشور، نشان عالی «استقلال» از سوی رئیس‌جمهور وقت به وی اعطا شد.
مرحوم سردار سرلشکر بسیجی دکتر سیدحسن آقایی فیروزآبادی سرانجام در تاریخ 8تیر 95 پس از حدود 27 سال ریاست بر ستاد کل نیروهای مسلح، جای خود را به «سرلشکر محمد باقری» داد.