گذراندن دوره مقدس سربازی پس از پایان تحصیلات و وقفه نسبتا طولانی که می‌تواند در مسیر حرفه‌ای افراد ایجاد کند، در بسیاری موارد به دغدغه ذهنی دانشجویان تبدیل می‌شود و چه‌بسا مانعی در برابر راه‌اندازی کسب و کارشان پس از پایان تحصیلات می‌شود. برای رفع این چالش و با توجه به اهمیت و نقش نیروی انسانی خلاق برای شرکت‌های دانش‌بنیان و فناور، معاونت علمی و فناوری تسهیلاتی را برای سربازی اعضای فعال در شرکت‌های دانش‌بنیان در نظر گرفته است. 
دانشجویان دوره دکتری تخصصی پس از دفاع موفقیت‌آمیز از طرح پیشنهادی رساله دکتری (پروپوزال) و مشروط به موافقت استاد راهنما و دانشگاه متبوع خود می‌توانند هم‌زمان با  گذراندن رساله دکتری از تسهیلات نظام وظیفه تخصصی در شرکت‌های دانش‌بنیان بهره‌مند شوند.
به‌طور کلی، تسهیلات نظام‌وظیفه برای اعضای فعال در شرکت‌های دانش‌بنیان به سه شکل امکان‌پذیر است: 

1ــ پروژه جایگزین خدمت در دستگاه‌های دولتی و دفاعی: نخبگان فناور در صورت احراز شرایط و کسب امتیازهای مصوب می‌توانند به‌عنوان انجام خدمت نظام‌وظیفه، با معرفی به مرکز نخبگان نیروهای مسلح، پروژه‌ای را برای یکی از صنایع دفاعی و کشوری انجام دهند.

2ــ امریه در شرکت‌های دانش‌بنیان: نخبگان فناور در صورت احراز شرایط و کسب امتیازهای لازم می‌توانند به‌عنوان انجام خدمت نظام‌وظیفه، به‌عنوان مامور(امریه) در طول مدت خدمت، در یکی از شرکت‌های دانش‌بنیان فعالیت کنند.

3ــ پروژه جایگزین خدمت در شرکت‌های دانش‌بنیان: نخبگان فناور در صورت احراز شرایط و کسب امتیازهای مصوب می‌توانند به‌عنوان انجام پروژه جایگزین خدمت در شرکت‌های دانش‌بنیان دوره خدمت نظام‌وظیفه خود را مشتمل ‌بر «دوره آموزش نظامی» و «اجرای طرحی پژوهشی فناورانه در شرکت دانش‌بنیان» طی کرده و کارت پایان‌خدمت دریافت کنند.