درواقع سامانه چکاوک نوعی سامانه انتقال وجه درون بانکی است. دراین روش، بعد از این‌که مشتری چک را به بانک تحویل داد، بانک چک را اسکن می‌کند و تصویر آن‌را همراه با شماره حساب و نام ذی‌نفع با استفاده از بارکد‌خوان یا به‌صورت دستی وارد سامانه می‌کند. بعد از تایید شعبه، چک به همراه اطلاعاتش به بانک بدهکار منتقل می‌شود. در آنجا بعد از کنترل موجودی، پول به حساب مشتری واریز می‌شود.

فرآیند وصول چک توسط سامانه چکاوک شامل مراحل زیر است:
ارائه چک به مسئول بانک بستانکار
تهیه تصویر و داده چک
مرتب‌سازی داده‌ها در سامانه مدیریت چک
اعتبارسنجی چک توسط بانک بدهکار
تعیین اعتبار و بلوکه کردن مبلغ چک توسط بانک بستانکار
تایید یا عدم تایید چک توسط بانک بستانکار
تهیه دستور برداشت مستقیم توسط سامانه مدیریت چک
دستور واریز به حساب مشتری در بانک بستانکار
واریز به حساب مشتری توسط بانک بستانکار
دستور تسویه بین بانکی توسط سامانه پایای چک
ارسال اعلامیه برداشت از حساب به بانک بدهکار و ارسال اعلامیه واریز به حساب بانک بستانکار توسط سامانه پایای چک.