قاضی دهقانی در ابتدای جلسه دادگاه با درود به روح شهدای انقلاب گفت: ملت ایران از قربانیان بزرگ تروریسم در دنیا محسوب می‌شوند و آنچه که توسط دادسرای عمومی و انقلاب تهران به این دادگاه واصل شده درباره اتهاماتی است که ارتکاب یکی از آنها قواعد و عناوین دادرسی جداگانه‌ای در بسیاری از کشور‌های دنیا برای رسیدگی به متهمان آن دارد.با توجه به این‌که امروزه تروریسم چه در قالب دولتی آن و چه در قالب گروه‌های سازمان‌یافته بزرگ‌ترین تهدید برای صلح، عدالت و امنیت محسوب می‌شود، جمهوری اسلامی ایران و قوه قضاییه آن برای تامین صلح و عدالت و امنیت بیشتر، اقدام به مبارزه قانونی در چهارچوب مقررات کیفری و حقوقی خود دارد و از آنجا که ملت ایران از بزرگ‌ترین قربانیان تروریسم محسوب می‌شوند و بسیار قبل‌تر این‌که واقعه ۱۱ سپتامبر در آمریکا وجدان جهانی و سازمان ملل را بخواهد به سمت مبارزه با تروریسم سوق دهد، قوه قضاییه ایران به مبارزه با تروریسم اقدام کرده است.وی افزود: اگر دادگاه به برائت متهمان رسید موضوع فرق می‌کند و اما اگر متهمان محکوم شدند، آن‌گاه حضور در کنار متهمان لکه ننگی در دامن کسانی است که ادعای صلح، عدالت و امنیت در دنیا را دارند اما در عملکرد استاندارد‌های چندگانه‌ای دنبال می‌کنند.
در ادامه این دادگاه، امیر ملائی‌بالستانی، وکیل شکات در جایگاه قرار گرفت و گفت: در ابتدای جلسه قصد دارم با توجه به ضرر و زیان ناشی از جرم که مدارک آن در پرونده موجود و ثبت شده است، لایحه‌ای مطابق با ماده ۱۰۷ قانون آیین دادرسی کیفری درخصوص تامین خواسته کیفری به جهت جبران ضرر و زیان ناشی از جرم تقدیم دادگاه کنم. 
قاضی دهقانی بیان کرد: به‌عنوان رئیس دادگاه پس از مشورت با مستشاران دادگاه، ضمن موافقت با قرار تامین خواسته کیفری درخواست‌شده از سوی وکیل شکات دستور توقیف و شناسایی اموال مرتبط با متهمان این پرونده را در راستای ماده ۱۰۷ قانون آیین دادرسی کیفری صادر و اعلام می‌کنم  اموال متهمان توقیف شود.
در ادامه دادگاه، از خانواده‌های معزز شهدای واقعه انفجار دفتر حزب جمهوری اسلامی در هفتم تیر سال 1360 به دست منافقین،‌ به‌عنوان شاکی در جایگاه قرار گرفتند. در همین باره، سیده‌طیبه موسوی، دختر شهید آیت‌ا... سیدکاظم موسوی با اشاره به انفجار دفتر حزب جمهوری اسلامی اظهار کرد:‌ با توجه به این‌که در این حادثه اصل نظام مورد هدف قرار گرفته است و باید حساسیت نسبت به آن بیشتر باشد، اما دیر به آن رسیدگی شده است. از دادگاه تقاضای اشد مجازات را برای این جنایتکاران و برای حامیان آنها و در رأس آن رژیم جنایتکار آمریکا و فرانسه که همچنان از آنها حمایت می‌کنند‌را دارم.وی در ادامه گفت: درخواست جبران خسارت‌های مادی و معنوی به خانواده‌هایی که براثر این حادثه متحمل شدند‌را‌ دارم.
در ادامه غلامرضا بخشی‌زاده، محمدتقی زردوست و عبدا... خلیلی، از شاهدان انفجار دفتر حزب جمهوری اسلامی، پشت تریبون قرار گرفتند و شواهد خود را تشریح کردند.
در ادامه این جلسه دادگاه حجت‌الاسلام‌ علی صداقت، کارشناس مبانی اعتقادی و استاد دانشگاه با اجازه قاضی در جایگاه قرار گرفت و گفت: شاید بتوانیم این دادگاه را از لحاظ تاریخی با دادگاه نورنبرگ که یکی از مهم‌ترین دادگاه‌های تاریخ معاصر و بلکه تاریخ جهان بوده مقایسه کنیم. 
این دادگاه اهمیت بسیار زیادی دارد. این دادگاه یک دادگاه تاریخی برای رسیدگی به جنایات شاید خشن‌ترین گروه تروریستی تاریخ معاصر در کل دنیاست. زمانی که جنایات این گروه را ملاحظه می‌کنیم می‌توانیم عنوان خشن‌ترین گروه تروریستی را بیان کنیم. 
کارشناس مبانی اعتقادی با اشاره به باغی بودن گروهک تروریستی منافقین گفت: در ماجرای عملیات مرصاد از لحاظ فقهی و قانونی شکی باقی نماند که این گروه باغی است و تمام عناوینی که برای بغی باید منطبق شود نسبت به این گروه در ماجرای عملیات مرصاد منطبق شد.