مساله اصلی این است که کشور در وهله نخست باید از نظر ساختارها و نگاشت نهادی دستخوش تحول شود و شرایطی فراهم آورد که دانش و پژوهش از جایگاه و ارزش واقعی در نظام تصمیم‌گیری و حل مسائل کشور برخوردار باشد. زمانی که سهم بودجه پژوهشی کشور کمتر از نیم درصد است و حتی همین میزان نیز در حوزه‌هایی هزینه می‌شود که اساسا ماهیت پژوهشی ندارند، نمی‌توان انتظار داشت دانش و پژوهش جایگاه مؤثری در حل مسائل کشور داشته باشد. از این رو، لازم است در ساختار بودجه‌ای، نظام برنامه‌ریزی، قوانین و مقررات کشور تحولات عمیقی صورت گیرد تا زمینه حضور مستقیم نخبگان در فرآیند سیاست‌گذاری فراهم شود. اگر مسئولیت‌ها به افرادی با گرایش‌های سیاسی خاص سپرده ‌شود، نمی‌توان انتظار داشت دانشگاه نقش فعالی در حل مسائل و سیاست‌گذاری‌های کشور ایفا کند.  همچنین اگر برنامه‌ریزی‌ها بدون اتکا به مستندات پژوهشی انجام ‌شود و تغییرات و تصمیمات مهم، پشتوانه علمی و پژوهشی نداشته باشند، عملا زمینه‌ای برای نقش‌آفرینی دانشگاه باقی نمی‌ماند.  دانشگاه باید به‌عنوان «عقل منفصل جامعه» عمل کند؛ نهادی که ضمن برخورداری از استقلال نسبی، وظیفه اندیشیدن درباره مسائل جامعه و ارائه راهکار برای آنها را بر عهده دارد. مساله اصلی اینجاست که در حال حاضر به اندازه کافی به دانشگاه بها داده نمی‌شود؛ به این معنا که مسائل خود را به دانشگاه ارجاع نمی‌دهیم و برای حل بخش عمده‌ای از چالش‌ها از ظرفیت علمی آن بهره نمی‌گیریم. این در حالی است که برای بسیاری از مسائل کنونی کشور، راه‌حل‌های علمی، منطقی و حتی میانبرهای کم‌هزینه‌ای وجود دارد که دانشگاه می‌تواند آنها را ارائه کند. این باور باید در نظام مدیریتی کشور شکل بگیرد که مدیران، صرف‌نظر از میزان آگاهی و تجربه خود، برای اطمینان از درستی تصمیماتشان به تأیید مراکز علمی معتبر نیاز دارند. البته این تحول صرفا به ساختار حکمرانی محدود نمی‌شود و دانشگاه نیز باید متناسب با شرایط جدید تغییر کند. نسل فعلی دانشگاهی نیز با محدودیت‌هایی در زمینه کارآمدی و انطباق با نیازهای روز مواجه است. دانشگاهی می‌تواند نقش «عقل منفصل جامعه» را به‌درستی ایفا کند که از انعطاف‌پذیری لازم برخوردار باشد و بتواند خود را با شرایط محیطی و تحولات مستمر جامعه تطبیق دهد. بنابراین، ما به نسل جدیدی از دانشگاهیان و هم‌زمان به نسل جدیدی از حکمرانی نیاز داریم. اگر این تحول در هر دو عرصه اتفاق بیفتد، می‌توان امیدوار بود که میز کار استاد و دانشجو از فضای دانشگاه به کارخانه‌ها، مراکز اجرایی و عرصه سیاست‌گذاری منتقل شود؛ در غیر این صورت، چنین پیوندی شکل نخواهد گرفت. یکی از ظرفیت‌های مهمی که می‌تواند در این مسیر مورد استفاده قرار گیرد، شرکت‌های دانش‌بنیان هستند. این شرکت‌ها از توان و ظرفیت بالایی برای ارائه راهکارهای کارآمد و کاهش هزینه‌های اجرایی برخوردارند.