حضرت آیت‌ا... خامنه‌ای در حكمی حجت‌الاسلام والمسلمین حاج شیخ حسن نظری را به ریاست مؤسسه دائر‌ه‌المعارف فقه اسلامی بر‌اساس مذهب اهل بیت(ع) منصوب كردند.  متن حكم رهبر‌انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم‌ا... الرحمن الرحیم
جناب مستطاب حجت‌الاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ حسن نظری دام اعزازه
درگذشت ریاست فقید دائره‌المعارف فقه اسلامی براساس مذهب اهل‌بیت(ع) مرحوم حجت‌الاسلام والمسلمین حائری، ضایعه‌‌ای است كه با تفضلات الهی امیدواریم جبران گردد و این جریان عظیم علمی به افاضات و بركات خود ادامه دهد. بدین منظور جناب‌عالی را كه بحمدا... از نصاب علمی مطلوب و شایستگی اخلاقی و مدیریتی برخوردارید به ریاست این مؤسسه مبارك منصوب می‌كنم. انتظار می‌رود كه با استفاده از همكاری فضلای برجسته و محقق كه بحمدا... شایستگی خود را در آن مؤسسه اثبات كرده‌اند به تداوم بركات این شجره طیبه اهتمام ورزید و با رعایت انضباط در مقررات گوناگون، سلامت و نزاهت آن مركز علمی را تأمین نمائید. توفیق جنابعالی و همكارانتان را از خداوند متعال مسألت می‌نمایم.
سید‌علی خامنه‌ای / ۲۹ مرداد ۱۳۹۸