دونالد ترامپ تصمیم گرفته است جان بولتون چهره جنگ‌طلب و معروف كابینه‌اش را در حاشیه نگهداشته و او را در تصمیم‌گیری‌های مهم دخالت ندهد. از ابتدای اعمال تحریم‌های جدید علیه ایران بسیاری از محافل خبری تصمیمات ترامپ را تحت تاثیر تیم بولتون و پمپئو می‌دانستند و می‌گفتند، شخصیت‌های تند‌رو در كاخ سفید بر ترامپ مسلط شده‌اند. دونالد ترامپ طی سخنانی با رد چنین ادعایی ضمن این‌كه اعتراف كرد شخص بولتن نظرات و دیدگاه‌های تندی دارد، اما گفت وی تحت تاثیر آنها نیست و تصمیمات را خودش می‌گیرد. حال بعد از چندماه رسانه‌ها از كنار گذاشتن تلویحی بولتن از بسیاری از تصمیم‌گیری‌ها در كاخ سفید پرده بر‌می‌دارند.
شبكه خبری سی‌ان‌ان در گزارشی در این باره نوشت: اختلاف دونالد ترامپ با جان بولتون در بسیاری از حوزه‌ها پنهان كردنی نیست، اما برخی از كارشناسان معتقدند عدم مشاوره رئیس‌جمهور آمریكا و عدم اجرای توصیه تحلیلگران تبعات داخلی و خارجی برای واشنگتن در پی خواهد داشت.
به گزارش واشنگتن‌پست، جان بولتون مشاور امنیت ملی آمریكا از گفت‌وگوهای حساس درباره افغانستان كنار گذاشته شده، چون این نگرانی وجود دارد كه او اطلاعات را فاش كند و با رئیس‌جمهور آمریكا درگیر شود. بولتون از نشست اخیر ترامپ با كیم جونگ اون،‌ رهبر كره‌شمالی نیز كنار گذاشته شد. او در نشست ۲۰۱۸ ترامپ با یك مقام ارشد كره‌شمالی نیز حضور نداشت. اینها همه نشان می‌دهد كه اختلاف میان بولتون و ترامپ در مسائل كلیدی بسیار گسترده شده است. بولتون پیش از آن‌كه مشاور امنیت ملی شود، حامی حملات نظامی پیشدستانه علیه كره‌شمالی بود و به رویه سیاسی پیونگ‌یانگ واكنش نشان داده بود. او یك بار دیگر نیز با اشاره به مدل لیبی برای كره‌شمالی، خشم پیونگ‌یانگ را برانگیخت.
یك مورد دیگر از جاهایی كه اختلاف‌نظر شدید بین ترامپ و بولتون را نشان داد بحران سوریه بود؛ زیرا در حالی كه جان بولتون تاكید داشت تا زمانی كه نیروهای نیابتی ایران باشند، آنها هم در سوریه خواهند بود، دونالد ترامپ اعلام كرد نیروهای آمریكا را از سوریه خارج خواهد كرد. هرچند این وعده به صورت كامل تحقق نیافت، اما واشنگتن اعلام كرد بخشی از نیروهای خود را از سوریه خارج كرده است. در یك مورد دیگر منابع خبری می‌گویند وقتی ترامپ برای دیدار با رئیس‌جمهور ایران ابراز تمایل می‌كند، چنین درخواستی در تضاد كامل با خواسته‌های بولتون است كه از چند سال پیش برنامه خود را بر تغییر نظام در ایران متمركز كرده بود.
در این میان برخی تحلیلگران آمریكایی می‌گویند خاموش كردن بولتون به دلیل داشتن ‌نظرات متفاوت ممكن است موجب شود تا دیگر مقام‌ها هم عقاید و تحلیل‌های كامل خودشان را در اختیار ترامپ قرار ندهند و از كنار گذاشته شدن هراس داشته باشند. از این‌رو، اگر رئیس‌جمهوری آمریكا طیف كاملی از تحلیل‌ها و عقاید را در اختیار نداشته باشد، ممكن است تصمیماتی بر‌اساس دیدگاه‌های شخصی خود بگیرد كه خالی از حقیقت و معیارسنجی واقعی باشد. همچنین بی‌توجهی ترامپ به مشاورانش می‌تواند این پیام را به رهبران سایر كشورها بدهد كه به جای همكاری با نمایندگان آمریكا بهتر است به صورت مستقیم سراغ ترامپ بروند. این شیوه درنهایت روابط كشورها را به اشخاص تقلیل می‌دهد و این امر می‌تواند پیامدهای ناگواری را به همراه داشته باشد.