عطاء‌ا... رفیعی آتانی، دبیر علمی پنجمین كنگره بین‌المللی علوم انسانی اسلامی مهم‌ترین نوآوری در این دوره كنگره، برگزاری كمیسیون‌ها در طول سه روز در تهران و قم دانست و تاكید كرد این شیوه، فرصت طرح با حوصله تر مقالات را همراه با گفت‌وگوهای انتقادی فراهم كرد.
او كه در آیین پایانی این كنگره سخن می‌گفت، بیان كرد: كمیسیون‌های تخصصی از فقه و حقوق، تعلیم و تربیت اسلامی، الگوی ایرانی ـ اسلامی پیشرفت و روان‌شناسی اسلامی، هنر اسلامی، علوم سیاسی اسلامی و مدیریت تحول علوم انسانی در مراكز علمی و دانشگاهی در قم و تهران برگزار شد.
دبیر مجمع عالی علوم انسانی اسلامی یادآورشد: ۴۵۰ چكیده مقاله و ۳۶۳ مقاله به دبیرخانه كنگره رسید، ولی ۹۰ مقاله در این سه روز بررسی شد؛ ۷۰۰ نفراز استادان و اعضای هیأت‌های علمی دانشگاه‌ها و مراكز علمی كشور در این كمیسیون‌ها شركت كردند.
رفیعی آتانی گفت: در برخی كمیسیون‌ها كه جمعیت شركت كنندگان كمتر بود، قریب به اتفاق شركت كنندگان از اعضای هیأت علمی دانشگاه‌ها بودند؛ برخی كمیسیون‌ها نیز موضوعی خاصی داشت كه مورد توجه پژوهشگران شد.
دبیر علمی پنجمین كنگره بین‌المللی علوم انسانی اسلامی عنوان كرد: با این تجربه وارد دوره جدیدی از استقرار و مدیریت اجتماعی فرآیند تولید علوم انسانی اسلامی شده ایم كه با آسیب شناسی و حذف نقاط ضعف و تقویت نقاط قوت می‌توان گام‌های جدی و جدیدی را به سوی پیشرفت برداشت. رفیعی آتانی با اشاره به برگزاری چهار نشست تخصصی با حضور استادان علوم انسانی اسلامی یادآورشد: مجموع مقالات دوره چهارم این كنگره در ده جلد منتشر شد.