محمد رجبی‌دوانی معتقد است همه آثار پدرش پژوهشی‌ و دقیق هستند، از جمله كتاب مفاخر اسلام. وقتی از او می‌پرسیم مهم‌ترین‌شان كدام است، می‌گوید: «اثر بسیار مهم ایشان، كتاب 11 جلدی «نهضت روحانیون ایران» است. خودشان هم همیشه می‌گفتند كه این كتاب را از همه آثارشان بیشتر دوست دارند. بیش از 40 سال از انقلاب اسلامی و بیش از نیم‌قرن از نهضت امام می‌گذرد و هنوز هم این كتاب یكی از معتبرترین و شاید بتوان گفت بهترین كتابی است كه درباره انقلاب نوشته شده است. به نظر من هیچ‌یك از كتاب‌های پدرم به‌خوبی این كتاب، ویژگی‌های شخصیتی ایشان را كه به برخی از آنها اشاره كردم و تشخص‌های پژوهشی، نگارشی و ادبی ایشان را نشان نمی‌دهد.
غیر از روحیه استقلال و آزادگی نویسنده، مهم‌ترین ویژگی این كتاب آن است كه نگارنده خود پیوند محكمی با جریان روحانیت داشته و سعی كرده مشاهدات شخصی خود را بنویسد. روایت‌های صادقانه از رویدادهای انقلاب
در قالب نثری سهل و ممتنع، این كتاب را در بین تاریخ‌نگاری انقلاب بسیار برجسته كرده است. این كتاب ابتدا در 200 صفحه منتشر و بعدها به 11 جلد تبدیل شد!
بدیهی است كه شجاعت علمی مرحوم پدرم هم در متمایز كردن آثار ایشان، به ویژه این كتاب نقش بسیار مهمی داشته است. مورخان غالبا تلاش می‌كنند درباره تاریخ گذشته بنویسند كه كسی مدعی نشود، ولی ایشان با كمال شجاعت درباره تاریخ معاصر می‌نویسند، بی‌آن‌كه به فكر خوش آمدن و بد آمدن كسی باشند! خودشان در مقدمه كتاب می‌نویسند كه چقدر بابت نوشتن این كتاب تحت فشار بوده و تهدید شده‌اند! این كتاب در میانه چاپ بود كه به دلیل سعایت برخی از دوستان، نزدیك بود چاپش متوقف شود و پدرم با تحمل مشقت‌ها و رنج‌های زیاد، كار را به نتیجه رساندند.
مرحوم پدرم بسیار عدالت‌خواه بودند و به همین دلیل اگر نسبت به كسی انتقادی داشتند، این امر سبب نمی‌شد كه از خدمات او یاد نكنند و خوبی‌های او را نادیده بگیرند. بدیهی است این شیوه مورد پسند اكثر افرادی كه اهل افراط و تفریط هستند، نبود، اما ایشان حتی اگر خودشان هم از كسی آسیب دیده بودند، در داوری نسبت به عملكرد او گرفتار افراط و تفریط نمی‌شدند. به همین دلیل تاریخ‌نگاری ایشان در دورانی كه با افرادی دوست بودند، با دورانی كه به دلایلی از آنها فاصله گرفتند، هیچ تفاوتی ندارد و هرچه را كه دیده‌اند، صادقانه نقل كرده‌اند.
مصداق بارزش، مجاهدین خلق هستند كه چه بخواهیم چه نخواهیم در مقطعی در برانگیختن روحیه مبارزه در قشر جوان نقش داشتند. پدرم در كتاب نهضت روحانیون، دقیقا هر چه را كه در زندان‌ها بر آنان گذشته بود، نقل می‌كنند. البته همیشه می‌گفتند:
اگر قرار بود تاریخ انقلاب را بنویسم، باید به اسامی شخصیت‌های دیگری هم اشاره می‌كردم، ولی هدف من نوشتن نهضت روحانیون بوده است. ایشان حتی اعلامیه‌های دكتر بقایی را هم در كتابشان آورده‌اند كه اعتراض خیلی‌ها را برانگیخت، اما خود دكتر بقایی از پدرم تشكر كرد!
به اعتقاد پدرم، نقش روحانیون عمدا توسط بسیاری از مورخان نادیده گرفته شده است، در حالی كه در طول تاریخ، مؤثرترین و كارآمدترین جریان سیاسی و اجتماعی بوده‌اند و درنهایت هم انقلاب اسلامی با همت آنان به ثمر رسید. پدرم احساس می‌كردند در تاریخ‌نویسی معاصر، روحانیت مظلوم واقع شده و ماركسیست‌ها، ناسیونالیست‌ها و فراماسون‌ها هر یك به سهم خود سعی كرده‌اند نقش روحانیت را وارونه جلوه بدهند یا كلا نادیده بگیرند.
یكی از مهم‌ترین ویژگی‌های تاریخ‌نگاری پدرم این است كه امكان ندارد ایشان از مأخذی استفاده كرده و نام آن را نیاورده باشند. كسانی كه ایشان را از نزدیك می‌شناختند، می‌دانند كه ایشان حتی وقتی لطیفه‌ای را هم نقل می‌كردند، حتما مأخذ آن را می‌گفتند و در این زمینه فوق‌العاده وسواس و حساسیت داشتند.