ادعای امیرآبادی و پودرهای معروف
یکی از حاشیه‌هایی که برای فرهاد مجیدی به وجود آمد، برگرفته از مصاحبه مهدی امیرآبادی با خبرگزاری خبرآنلاین بود. در آن مصاحبه امیرآبادی ادعا کرد که سال‌ها قبل فرهاد مجیدی پودرهایی را از دوبی به ایران آورد و آنها را به بازیکنان داده بود. اظهار‌نظری جنجالی که پرسپولیسی‌ها را علیه استقلالی‌ها شوراند و هواداران این تیم در فضای مجازی، بازیکنان استقلال را متهم به دوپینگ کردند. پس از این اظهار نظر قرار بر این بود تا مجیدی از امیرآبادی شکایت کند؛ اتفاقی که هرگز نیفتاد.
 برادر پشت برادر!
بحث سرپرستی جواد زرینچه و تودیع نصرا...‌عبداللهی بسیار حاشیه‌ساز و جنجالی شد. در حالی که حکم سرپرستی جواد زرینچه را طی مراسمی در باشگاه استقلال به او تحویل دادند، اما این پیشکسوت استقلال ساعاتی بعد اعلام کرد که این حکم را در باشگاه جا گذاشته و در این مقطع زمانی نمی‌تواند کمکی به استقلال کند. همان موقع شنیده شد این تصمیم مسؤولان باشگاه استقلال به گوش فرهاد مجیدی که می‌رسد با ناراحتی و عصبانیت او همراه می‌شود. فرهاد مجیدی مشکلی با آمدن جواد زرینچه نداشت ولی تأکید داشت جایگاه فرزاد باید حفظ شود و دلیلی برای کنار گذاشتن او وجود ندارد. حتی تاکید کرد اگر برادرش را کنار بگذارند خود او هم دیگر در استقلال نمی‌ماند.
 چه کسی پاداش داد؟
در شرایطی که استقلال در بدترین شرایط مالی قرار داشت فرهاد مجیدی پس ازهر بازی و بر اساس ادعایی که می‌کرد از جیب خودش به بازیکنان پاداش می‌داد. هر چند که خیلی‌ها می‌گویند این پاداش‌ها را شخصی متمول به نام نامداری داده است اما در فضای مجازی و در بین هواداران این طور عنوان شده که او این پاداش‌ها را داده است. رسمی غیر متعارف که در هیچ جای جهان دیده نمی‌شود و فقط و فقط هواداران را مقابل مدیریت باشگاه قرار می‌دهد.
 ارتش مجازی
این ادعا را نه رسانه‌ها که محمود فکری سرمربی سابق استقلالی‌ها بیان کرده است. او البته بدون این که اسمی از کسی بیاورد این طور بیان می‌کند:«در فضای مجازی ارتش دارند. او نه عشق دارد نه دانش؛ فقط ارتش فحاش دارد.  کادری که ۳ جام از دست داده باید اخراج شود.» فکری که بارها و بارها این حرف‌ها را به میان آورده همین هفته قبل و بعد از باخت استقلال به الهلال دوباره اظهاراتش را بیان و تکرار کرد. او اسمی از کسی نیاورد اما کدام سرمربی استقلال سه جام را از دست داده است؟
 حاشیه‌های دوبی
بعد از باخت استقلال به الهلال، خبری در فضای مجازی منتشر شد که حکایت از چند حاشیه در اردوی استقلال داشت. این حاشیه‌ها به قدری زیاد بود که حتی گفته شد کار به شکایت هم رسیده است که البته پرونده این موضوع خیلی زود بسته شد.
 در آن زمان پیکان انتقادات به سمت فرهاد مجیدی رفت که به عنوان سرمربی تیم وظیفه نظم و انضباط بازیکنان را بر عهده دارد. البته چند روز بعد محمود فکری بار دیگر حملاتی علیه مجیدی انجام داد و او را مقصر حاشیه‌های اردوی دوبی دانست.
او در مصاحبه هفته قبل خود گفت:« من هم شنیده‌ام که سرمربی تیم به جای حضور در اردوی تیم و حراست از مجموعه تیم در آستانه دیدار مهم تیمش، به‌جز زمان تمرینات در اردو حضور‌نداشت.»
 مساله فروش قائدی
در روزهایی که خبر رفتن مهدی قائدی از استقلال هر لحظه بیشتر می‌شد، انتشار تصویری از قائدی کنار داریوش شجاعیان و یک مدیر برنامه که رفیق صمیمی سردار آزمون است و پخش خبر سفر آنها به امارات این شایعه را به دنبال داشت که فرهاد مجیدی در امارات منتظر مهدی قائدی است تا او را به یک باشگاه اماراتی بفروشد و با پول فروش او، خودش مستقیم برای استقلال در فصل نقل و انتقالات بازیکن بگیرد، این در حالی است که فرهاد پیش ازاین به صراحت اعلام کرد با فروش قائدی موافقت نمی‌کند. اما همین مساله هم بعد از مدتی با شک و شبهه رو‌به‌رو شد. احمد مددی، مدیرعامل سابق استقلال هفته پیش با حضور در برنامه فوتبال برتر ادعا کرد که دست نوشته مجیدی برای رضایت فروش قائدی را در اختیار دارد.

واکنش باشگاه استقلال
با گذشت چند ساعت از حکم کمیته اخلاق، باشگاه استقلال واکنش رسمی به این قضیه داشت. در بیانیه‌ای که کانال رسمی آبی‌پوشان صادر کرده، آمده است: «بعد از اعلام حکم کمیته اخلاق در خصوص فرهاد مجیدی سرمربی استقلال، شایعاتی در خصوص دلیل این رای مطرح شده که به این وسیله این شایعات رد می‌شوند. دلیل رای صادره در خصوص آقای مجیدی، عدم پرداخت جریمه صادر شده به دلیل اظهارات ایشان در خصوص آذری جهرمی وزیر سابق ارتباطات است».البته آذری جهرمی با انتشار یک استوری اعلام کرد اصلا از فرهاد مجیدی شکایت نکرده بود.