استقلال تهران نتایج خوبی به دست نیاورده است. این تیم در فصل جاری هم فراز و نشیب زیادی داشت و حالا علاوه بر جام حذفی، قهرمانی در لیگ برتر را هم تا حدود زیادی از دست داده است. با وجود مدعیانی چون پرسپولیس و تراكتور و همینطور سپاهان، دیگر كار استقلال بسیار دشوار خواهد بود. این تیم 7امتیاز از پرسپولیس صدرنشین كمتر دارد و از نظر اعضای هیات مدیره باشگاه هم قهرمانی در لیگ برتر از كف رفته است. عملكردی كه شفر در استقلال داشت در خفا باعث انتقاد بعضی از اعضای هیات مدیره شد و قصد داشتند در جلسه‌ای كه هفته گذشته با حضور او برگزار شد، این انتقادها را علنی كنند. آنها بسیار ناراضی بودند. میرشاد ماجدی و كامران منزوی از جمله ناراضی‌ها بودند.
این دو عضو هیات مدیره اعتقاد داشتند هواداران آسیب زیادی دیده اند چون علاوه بر از دست دادن دو جام در دربی هم شكست خورده اند و این مساله برایشان بسیار سخت بوده است. در نهایت اما اعضای هیات مدیره به این جمع بندی رسیدند كه با توجه به در پیش بودن بازی رفت و برگشت مقابل الهلال بهتر است كه استقلال آرامش داشته باشد و از مشكلات فاصله بگیرد. بدین ترتیب در زمان حضور شفر در جلسه هیات مدیره بحث خاصی در این باره صورت نگرفته و فقط اعضای ناراضی از نتایج به مرد آلمانی گفتند هواداران گلایه دارند و خواستار نتایج بهتری بوده‌اند. شفر هم تاكید داشت که تلاشش را برای موفقیت تیم خواهد كرد.
در این بین اما به نظر می‌رسد یك توافق محرمانه و پشت پرده هم اتفاق افتاده است. استقلال در حال حاضر تنها شانس موفقیت در یك جام را دارد؛ لیگ قهرمانان آسیا. اگر این جام را هم از دست بدهد در آن صورت دیگر دلیلی برای ماندن شفر در استقلال وجود ندارد. ظاهرا اعضای هیات مدیره در این باره به جمع بندی رسیده‌اند. یكی از این اعضا هم به جام‌جم توضیح می‌دهد: «روز 19 فروردین و 3 اردیبهشت دو بازی رفت و برگشت مقابل الهلال برگزار می‌شود و طبیعتا نتایج این دو بازی تكلیف خیلی چیزها را روشن خواهد كرد. تا آن زمان باید منتظر ماند.» در حال حاضر استقلال در قعر جدول گروه c قرار دارد و اگر می‌خواهد صعود كند باید الهلال را شكست دهد. شفر هم ظاهرا از تمام قضایا با خبر است و به همین خاطر تلاش كرده تا آرامش را به تیمش برگرداند. در همین حال فتحی مدیرعامل استقلال هم به اعضای هیات مدیره گفته باید حمایت لازم را قبل از این دو بازی انجام دهند تا دیگر بهانه‌ای وجود نداشته باشد.