علامه جعفری از پیشگامان وحدت حوزه و دانشگاه بود. ایشان قبل از انقلاب و بعد از انقلاب جلسات منظمی با دانشگاهیان و بزرگان علمی و دانشگاهی ازجمله مرحوم دکتر حسابی، مرحوم دکتر هشترودی و دکتر فضل‌ا... رضا و سایر اندیشمندان معاصر داشت که در آن جلسات، مسائل فلسفی علوم مطرح بود. ایشان در میان علمای کشورمان بیشترین رفت‌وآمد را با دانشگاهیان داشت و بسیار مورد علاقه استادان و دانشجویان مسلمان بود. اگر این‌گونه برخورد با دانشگاهیان از طرف حوزویان ادامه یافته بود، این‌گونه شاهد جدایی دانشگاهیان از حوزویان نبودیم و حوزه بیشتر به اقتضائات زمان توجه می‌کرد که من این موضوع را در جلسه‌ای با مقام معظم رهبری نیز طرح کردم. علامه جعفری مکاتبات و ملاقات‌های زیادی با دانشمندان غرب و مسلمان داشت که در آنها انواع مسائل علمی و فلسفی مطرح بود. 
همچنین شاهد ملاقات ایشان با پروفسور عبدالسلام در تهران بودم و به‌عنوان مترجم، سخنان آنها را به‌هم انتقال می‌دادم. در آن جلسه ایشان برخی مسائل فلسفی چالش‌برانگیز فیزیک معاصر ازجمله بحث نسبیت را مطرح کرد و نظر مرحوم عبدالسلام را در مورد آن پرسید و برخی مکاتبات خود با راسل را برای او مطرح کرد. علامه جعفری با دانشمندان برجسته‌ای نظیر برتراند راسل و روژه گارودی مکاتبه داشت. ایشان در بعضی کنفرانس‌های خارجی هم شرکت و سخنرانی می‌کرد.
علامه جعفری از همان ابتدای تحصیل در نجف، دغدغه آگاهی از مسائل مطرح در عصر خود را داشت و به مرجع عالیقدر سیدعبدا... شیرازی، ضرورت پرداختن به فلسفه و علوم انسانی جدید را یادآور شد. همچنین متذکر شد که لازم است حوزه‌های علمیه به مسائل روز توجه کنند، به مسائل جدید اجتماعی و جهانی در فقه توجه داشته باشند و به تخصصی شدن ابواب فقه هم توجه کنند. او در این زمینه هم پیشرو بود و خودش آغازگر طرح این مسائل شد.
علامه بیش از نیم قرن پیش به نقش مهم اصول فلسفی در علوم تجربی توجه کرد و در نوشته‌هایش، در بحث بعضی از مسائل مهم فلسفی علوم و چالش‌های آنها که بعضا متعرض دین بودند، وارد شد و مشکلات آنها را برملاساخت. توجه به این مهم را که علم پاسخگوی سؤالات بنیادی انسان نیست، سؤالاتی از قبیل این‌که انسان بداند از کجا آمده است؟ به کجا خواهد رفت و رسالت او در این جهان چیست، حیات معقول نامید که در آن علم و دین و فلسفه جمع می‌شوند.

دکتر مهدی گلشنی - عضو شورای عالی انقلاب فرهنگی