گونه‌های مهاجم بنا بر ماهیت‌شان که جانوری یا گیاهی، گوشتخوار یا علفخوار باشند تاثیرات متفاوتی به همراه دارند. اما آنچه قطعیت دارد این است که گونه‌های مهاجم عرصه زندگی را برای گونه‌های بومی تنگ می‌کنند و بعضا باعث انقراض برخی از گونه‌های بومی می‌شوند. به‌عنوان‌مثال درخت کهور پاکستانی کاملا موفق شده است در جنوب ایران تمامی زیستگاه‌ها را دربربگیرد. این گیاه به واسطه سازگاری بالایی که دارد گونه‌های بومی منطقه را به مرور حذف می‌کند و تبدیل به گیاه غالب و البته تنها گیاه آن اکوسیستم می‌شود.
علاوه‌براین، این گونه‌ها برخی مواقع در گروه ‌جانواران اهلی‌ قرار دارند که به‌واسطه اهلی بودن‌شان در چرخه‌های طبیعی جایگاهی ندارند و از کنار انسان راه‌شان را به طبیعت پیدا می‌کنند و آنجا سازگار می‌شوند، مثل سگ، گربه و موش‌سیاه. علاوه‌بر‌این برخی جانوران مانند کلاغ‌ها گونه‌های فرصت‌طلب هستند. این گونه‌ها هم قدرت سازگاری بسیار بالایی دارند و در کنار انسان موفق هستند و جمعیت‌شان بسیار رشد می‌کند. این حیوانات در مسائل مختلف اکولوژیکی مثل آب، منابع غذایی، محل ساخت آشیانه و ... رقابت ایجاد و زیستگاه‌ها را تصرف می‌کنند. باوری وجود دارد که گونه‌های مهاجم خصوصا در گوشتخوارها حتما باید شکار کنند تا به طبیعت و دیگر زیستمندان فشار وارد کنند در حالی که تنها مساله این گونه‌ها شکار نیست. به‌عنوان‌مثال در رابطه با سگ‌ها و گربه‌های اهلی که در کشورمان با انفجار جمعیت آنها مواجهیم باید گفت فقط حضور این گونه‌ها در یک زیستگاه سبب پایین آمدن مطلوبیت آن زیستگاه می‌شود. حضور آنها به مفهوم ایجاد ناامنی در آن زیستگاه است. باید بدانیم برای برخی گونه‌های جانوری وقتی در زیستگاه‌ ‌صدای ‌سگ شنیده شود آنها از حضور در زیستگاه پرهیز می‌کنند. علاوه‌برآن باید به بیماری‌های مشترک و تداخلات ژنی هم اشاره کرد که حضور این گونه‌ها در این زیستگاه‌ها ایجاد می‌کند. برخی معتقدند کنترل این‌چنینی گونه‌های مهاجم به نوعی دست بردن در چرخه زیستی طبیعت است. نباید فراموش کرد که ما انسان‌ها بزرگ‌ترین گونه مهاجم جهانیم! مساله این است که ما تغییرات بسیاری را در طبیعت ایجاد کرده‌ایم.
 انسان خردمند امروز باید فکر کند حالا باید چه کار کند که مجال زندگی را به سایر زیستمندان بدهد. ما در برابر کاری که می‌کنیم مسؤولیم. ما وقتی سدی می‌سازیم باید بدانیم   زیستگاه پایین‌دست سد در صورت نرسیدن آب دچار چه تحولاتی می‌شود. نمی‌توان گفت ما هم در این چرخه سهمی داریم و سد می‌سازیم تا مشکل آب را حل کنیم و طبیعت خودش راهی برای این چرخه پیدا می‌کند! در مورد گونه‌های مهاجم هم ماجرا به همین شکل است. ما در برابر انفجار جمعیت سگ و گربه‌ها مسؤولیم. اگر تنها یک موش صحرایی ساده منقرض شود مدتی بعد شکل زیستی آن منطقه تغییر می‌کند. همه اینها به یکدیگر وابستگی اکولوژیک دارند.