رؤسای دانشگاه های وابسته به دستگاه‌ها، در نامه‌ای سرگشاده خطاب به دکتر علی لاریجانی، رئیس مجلس شورای اسلامی نسبت به لایحه دولت مبنی بر واگذاری و ادغام این دانشگاه ها اعتراض کردند. 
به گزارش جام‌جم و به‌نقل از روابط عمومی دانشگاه
صدا و سیما، رؤسای دانشگاه علوم قضایی و خدمات اداری، دانشگاه جامع امام حسین(ع)، دانشگاه دفاع ملی، دانشگاه علوم و معارف قرآن کریم، دانشکده صنعت هواپیمایی کشوری و دانشگاه صدا و سیما، اعتراض قانونی خود را نسبت به اقدام و پیشنهاد غیرقانونی و غیرکارشناسی دولت در حذف، تعطیلی و واگذاری این دانشگاه ها مکتوب و طی نامه ای برای رئیس قوه مقننه ارسال کردند.
در این نامه با اشاره به سابقه فعالیت آموزشی چندده ساله این دانشگاه ها و جذب هیأت علمی و نیروی انسانی آمده است، بیشتر رشته‌های آموزشی این دانشگاه‌ها، اختصاصی بوده و نمونه آن در سایر دانشگاه‌ها وجود ندارد؛ بنابراین آموزش آنها نیازمند تجهیزات و امکاناتی است که صرفاً در اختیار آن دستگاه‌هاست و هیچ دانشگاهی از عهده تأمین آنها برنمی‌آید. 
همچنین در این نامه مطرح شده است نمی توان با یک بند در لایحه بودجه درباره ده‌ها دانشگاه و مرکز آموزش عالی که کارکردها و مأموریت‌های خاص و حساس دارند، تصمیم‌گیری کرد. این امر نیازمند کار کارشناسی دقیق و بررسی مورد به مورد این دانشگاه‌ها و مذاکره و توافق با دستگاه مربوط برای تصمیم‌گیری درخصوص ساختمان‌ها، اموال، هیأت علمی، نیروی انسانی و دانشجویان آنهاست.
موارد دیگری نیز در این نامه مطرح شده که در متن اعتراضی رؤسای دانشگاه های یادشده به رئیس مجلس شورای اسلامی به شرح ذیل آمده است.
جناب آقای دکتر لاریجانی
رئیس محترم مجلس شورای اسلامی
سلام علیکم؛ 
نظر به این‌که در بند «ز» تبصره 21 لایحه بودجه سال1398 پیشنهاد شده است که مجلس شورای اسلامی به دولت اجازه دهد تا دانشگاه‌های وابسته به دستگاه‌های اجرایی را به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری واگذار نماید، بدینوسیله ما رؤسای برخی از دانشگاه‌های وابسته به دستگاه‌ها بنا به دلایل ذیل خواهان حذف این بند هستیم.
احکام و تصمیم‌های مقرر در بند « ز» تبصره 21 لایحه پیشنهادی بودجه دولت در سال 98 به‌دلیل عدم ارتباط مستقیم با دخل و خرج بودجه، فاقد ماهیت بودجه‌ای بوده و ذکر آنها در قوانین سنواتی مغایر با اصل 52 قانون اساسی است.
ذکر احکام و تصمیم‌های پنجگانه بند « ز» تبصره 21، باعث بروز این ابهام قانونی می‌شود که آیا این احکام و تصمیم‌ها با توجه به ماهیت موقتی قوانین بودجه، صرفاً ناظر بر سال 1398 می‌باشد، یا احکام و تصمیم‌هایی ماندگار و دائمی است؟ اگر چنین نیست حکم مندرج در جزء 2 بند «ز» تبصره 21 مبنی بر انتقال دانشگاه‌های وابسته به دستگاه‌های اجرایی به وزارت علوم، به معنی عدم اجرا یا لغو مصوبات قبلی مجلس شورای اسلامی مبنی بر الزام برخی دستگاه‌ها به حفظ و گسترش دانشکده‌ها و دانشگاه‌های وابسته جهت تربیت و تأمین نیروی انسانی است. روشن است که با احکام موقت لایحه بودجه نمی‌توان احکام دائمی قوانین قبلی را ملغی کرد.
  معنای «دستگاه‌های اجرایی» در این ردیف دارای ابهام است و مشخص نیست آیا شامل نهادهای نظامی و انتظامی، امنیتی، قوه قضاییه و ... می‌شود یا خیر؟ قطعاً انتقال دانشگاه‌های وابسته به نهادهای نظامی و انتظامی و دستگاه‌های زیر نظر مقام معظم رهبری (مدظله العالی) بدون اذن معظم له شایسته نیست.
 برخی دانشگاه‌های وابسته به دستگاه‌ها مانند دانشگاه صنعت نفت، دانشگاه علوم قضایی، دانشگاه صدا و سیما، دانشگاه علوم و معارف قرآن براساس قانون مصوب مجلس شورای اسلامی یا شورای عالی انقلاب فرهنگی تأسیس شده و هیأت علمی و نیروی انسانی جذب کرده و چندین دهه سابقه فعالیت دارند.
رشته‌های برخی دانشگاه‌های وابسته به دستگاه‌ها اختصاصی بوده و در سایر دانشگاه‌ها وجود ندارد و آموزش آنها نیازمند تجهیزات و امکاناتی است که صرفاً در اختیار آن دستگاه‌ها است و هیچ دانشگاهی از عهده تأمین آنها برنمی‌آید(مانند دانشگاه صدا و سیما و دانشکده صنعت هواپیمایی).
 حسب صلاحدید رهبر معظم انقلاب اسلامی (مد ظله العالی) بررسی، تدوین و تصویب قوانین و مقررات مربوط به دانشگاه‌ها و مراکز آموزش عالی در حوزه اختیارات شورای عالی انقلاب فرهنگی است.
نمی توان با یک بند در لایحه بودجه درباره ده‌ها دانشگاه و مرکز آموزش عالی که کارکردها و مأموریت‌های خاص و حساس دارند و چند دهه در تربیت نیروی انسانی مورد نیاز دستگاه‌ها خدمت کرده‌اند، تصمیم‌گیری کرد. این امر نیازمند کار کارشناسی دقیق و بررسی مورد به مورد این دانشگاه‌ها و مذاکره و توافق با دستگاه مربوطه جهت تصمیم‌گیری درخصوص ساختمان‌ها، اموال، هیأت علمی، نیروی انسانی و دانشجویان آنها است.
 بسیاری از دانشگاه‌های وابسته به دستگاه‌ها با مجوز دفتر گسترش آموزش عالی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری تأسیس و یا ارتقاء یافته‌اند. هیأت امناء آنها منصوب وزیر علوم، تحقیقات و فناوری است. اعضای  هیأت علمی آنها طبق ضوابط و مقررات وزارت علوم و با تأیید مرکز جذب وزارت علوم جذب می‌شوند. از این نظر هم اکنون نیز تحت نظارت وزارت علوم، تحقیقات و فناوری هستند.
امیدواریم با عنایت جنابعالی و نمایندگان محترم بند‌فوق‌الذکر از لایحه بودجه سال 1398 حذف شود تا فرصتی برای رسیدگی دقیق و کارشناسی به مسائل دانشگاه‌های وابسته به دستگاه‌ها در اختیار شورای عالی انقلاب فرهنگی و دستگاه‌های ذیربط قرار گیرد.
دکتر محمدجواد  شریعت باقری، رئیس دانشگاه  علوم قضایی و خدمات اداری
 دکترمحمدرضا حسنی آهنگر، رئیس دانشگاه جامع امام‌حسین (ع)
 دکتر احمد  وحیدی، رئیس دانشگاه دفاع ملی
 دکتر سیّد محمّد نقیب، رئیس دانشگاه علوم و معارف قرآن  کریم
 دکتر حسین قنبری، رئیس دانشکده صنعت هواپیمایی  کشوری
 دکتر شهاب  اسفندیاری، رئیس دانشگاه  صدا و سیما