بورنئو از قدیمی‌ترین جنگل‌های بارانی، به عنوان موزه زنده تاریخ طبیعی به شمار می‌آید. این‌جنگل در خود 15هزار گونه گیاه، 420 گونه پرنده و 222 گونه پستاندار - که خیلی از آنها بومی همان‌جا هستند - را جای داده است. از حیوانات شناخته‌شده این منطقه می‌توان به فیل بورنئو، پلنگ ابری، خرس آفتاب، موش آهویی، روباه پرنده، پولک پوست و شناخته‌شده‌تر از همه آن‌ها به اورانگوتان بورنئو اشاره‌کرد. اورانگوتان، پستاندار ارزشمندی است که ماده ژنتیکی‌اش با 97 درصد از دی‌ان‌ای انسان اشتراک دارد. این‌حیوان باهوش در حال حاضر یکی از گونه‌های در معرض خطر انقراض به‌شمار می‌آید و به گفته اتحادیه جهانی حفاظت از طبیعت در 40 سال گذشته جمعیتش به نصف رسیده است؛ به گونه‌ای که بنا به اعلام این‌ اتحادیه در سال 94 تنها 55 هزار فرد از آن در طبیعت باقی مانده بود. تخریب زیستگاه دلیل اصلی نابودی این پستاندار است.
اورانگوتان در اندونزی مانند بسیاری از جانوران دیگر، قربانی جنگل‌زدایی است. این حیوان برای آموزش‌های لازم و یادگرفتن چگونگی بالارفتن از درخت، پیداکردن غذا و درست‌کردن لانه به مرکز حفاظت از اورانگوتان واقع در شرق کلیمانتان منتقل می‌شود. اهلی‌شدن برای این جاندار خطرناک است. این خطر نه‌تنها از سوی حیوانات درنده بلکه از طرف انسان، اورانگوتان را تهدید می‌کند. با وجود ممنوعیت کشتن اورانگوتان در اندونزی مواردی دیده شده که نتیجه تغییر محل زندگی این پستاندار بر اثر جنگل‌زدایی است. کارشناسان اعتقاد دارند کشت روغن پالم، دشمن اصلی اورانگوتان است. آنها می‌گویند عملیات پاکسازی جنگل‌ها کافی است و اکنون در این‌منطقه به اندازه کافی روغن پالم کشت می‌شود.