مرتضی حنانه همیشه آرزو داشت در کنار حکیم بزرگ ایران زمین؛ ابن سینا به خاک سپرده شود، اما این خواسته‌اش ممکن نشد و در
امامزاده طاهر کرج دفن شد. او که بزرگ‌ترین مشغله ذهنی‌اش چندصدایی کردن موسیقی ایران بود، کوشش‌هایی در این‌باره کرد، ولی مورد پذیرش همه موسیقیدانان قرار نگرفت. او در سال ۱۳۲۸ همراه با دوستانش نشریه فرهنگی و پیشروی «خروس جنگی» را بنیاد گذاشت.
در کتاب «گام‌های گمشده»، مرتضی حنانه می‌کوشد تا آنچه از موسیقی ایرانی در دسترس است، گرفته و با کمک معانی و مفاهیم لغات و اصطلاحات متداول، به چگونگی این موسیقی پی ببرد. در واقع هدف حنانه در این کتاب دست یافتن به یک رشته ارتباط منطقی و به خصوص نظری میان اجزای مختلفِ موسیقی (کمی پریشان) ایران امروز است و در این راه تلاش کرده چنانچه تشریح نکته‌ای سخت است، در حد امکان، مطالب به زبان ساده بیان کند. مبنای کار مرتضی حنانه براساس موسیقی ملی ایران بود. تز او نیز درباره آفرینش بر مبنای مُدهای موسیقی ایران بود، نه براساس آفرینش بر مبنای موسیقی کلاسیک غرب! امیرعلی حنانه درباره شیوه آهنگسازی پدرش می‌گوید: «فکر و مبنای آهنگسازی مرتضی حنانه مخالف آهنگسازی اپراست. اپرا بر مبنای صرف، یک‌سری قواعد مشخص موسیقی غربی دارد که طبق آن نوشته می‌شود. واضح است که در آهنگسازی مرتضی حنانه این قواعد وجود ندارد. سبک آفرینش موسیقی حنانه، براساس مقام‌های موسیقی ایران است و تمام.»
حنانه همواره با احمد شاملو و علی حاتمی اختلاف‌هایی داشت. اصغر بیچاره، عکاس، نیز از همکاری حاتمی با حنانه در سریال هزار‌دستان این‌طور یاد می‌کند: «حاتمی کار حنانه را می‌شناخت، اما موسیقی را نمی‌شناخت. حنانه با دست‌اندرکاران فیلم مشکل پیدا کرد، چون آثار موسیقی دیگران را بدون اجازه و اطلاع حنانه در فیلم گنجانده بودند.
آقای حاتمی این اعتقاد را داشتند که اگر من لازم بدانم درخت را هم رنگ می‌کنم. که در جواب حاتمی، حنانه به طعنه پاسخ داده؛ شاید مقداری از این رنگ‌ها هم روی اسامی آهنگسازان دیگر رفته و آنها را محو کرده و تنها نام حنانه باقی‌مانده است.» پسر این آهنگساز اما در این‌باره گفته است: «علی حاتمی شخصیتی مردمی، مهربان و خوش‌قلب بود که با پدر دوستی دیرینه داشت و با موسیقی روحش به‌هم می‌ریخت و حتی با برخی نغمه‌ها گریه می‌کرد.» اما او نیز عین‌حال متاسف است از این‌که کسی مانند حاتمی بدون مشورت با پدرش موسیقی هزاردستان را تغییر داده است.