کمتر فردی است که از کرامت‌های شیخ جعفر مجتهدی نشنیده باشد؛ عارفی که سلوک زندگی‌اش، او را به‌گونه‌ای خاص از دیگران متمایز کرد. دانستن درباره‌ شیخ جعفر مجتهدی و سبک زندگی و سلوک او در سال‌های عمرش جذاب و شنیدنی است اما این‌که بتوان فردی را پیدا کرد که بی‌غرض، صادقانه و مستند درباره‌ سلوک معنوی، اخلاقی و رفتاری او حرف بزند، کار ساده‌ای نیست. کار وقتی سخت‌تر می‌شود که متوجه شوید، او هیچ‌وقت ازدواج نکرد تا بتوان با استناد به حرف‌های همسر و فرزندانش روایت‌هایی دقیق از زندگی‌اش پیدا کرد.
شیخ جعفر مجتهدی در همان خردسالی با پای پیاده راهی کربلا شد اما در راه به جرمی نامعلوم به زندان افتاد. در زندان و پس از آزادی، برای ایشان حوادث فراوانی رخ داد که حاصل همه‌ آنها توسل و تمسک بیشتر به اهل‌بیت‌(ع) بود. شیخ جعفر سرانجام در ۲۰ سالگی به قم مشرف شد و در منزل وقفی بسیار محقر و ساده‌ای ساکن شد که مدتی هم حاج فخر تهرانی از عارفان مشهور آن زمان در یکی از اتاق‌های آن خانه ساکن بود. شیخ جعفر مجتهدی در سال‌های آخر عمر شریف و پربرکتش از قم به مشهد مقدس رفت و در جوار ملکوتی حضرت رضا(ع) ساکن شد. میرزا اسماعیل دولابی در کتاب «طوبای کربلا» مطلبی را درباره «امام حسین(ع) شیرابه فیوضات هستی» از شیخ جعفر ذکر کرده است که مشروح آن برای دوستداران این امام همام(ع) ذکر می‌شود. شیخ جعفر که در عشق به ساحت حضرت حسین بن‌علی‌(ع) زبانزد بود، وقتی در میانه‌های عمرش کسی پیدا شد که حاضر بود علم «کیمیای خود را به وی ارزانی دارد آن را گرفت و به آب انداخت. او می‌گوید: کیمیا را در آب انداختم و رو به سوی گنبد حضرت سیدالشهدا(ع) عرض کردم: کیمیا درد مرا دوا نمی‌کند. جعفر، کیمیای محبت شما اهل‌بیت(ع) را می‌خواهد!» آری! آن را گرفته و به آب می‌اندازد تا دیگر بار نشان دهد که از کرده خویش در روزگار جوانی پشیمان نیست و اگر هزار بار هم به کیمیا برسد باز کیمیای حب اهل‌بیت(ع) را انتخاب خواهد کرد. نقل شده است که این واقعه یکی از امتحانات سلوکی ایشان بوده و بعد که سربلند از آن بیرون آمد، مورد تفضلات خاصه حضرت قرار‌گرفت.