یکی از پربحث‌ترین آثار مرحوم استاد دکتر زرین‌کوب، کتاب «دو قرن سکوت» اوست که همواره بر سر آن در بحث و جدل بوده است. زرین‌کوب در این کتاب مباحثی درباره دوران استیلای مسلمانان بر ایران دوران ساسانی و آنچه در مدت دو قرن پس از سقوط سلسله ساسانیان در ایران حادث شده، بیان کرده است.
خود زرین‌کوب، چند سال بعد از انتشار کتاب، متوجه خطاهای علمی و روش‌ شناختی آن شد و سعی کرد آن را در ویراست دوم اصلاح کند ولی آنهایی که چاپ اولیه کتاب را بیشتر در راستای هدف‌های خود می‌دانستند، چشمشان را بر ویرایش دوم آن بستند. ارجاعات پان‌ایرانیست‌ها و برخی نویسندگان ضداسلام به همان چاپ اول است. جالب اینجاست که خود زرین‌کوب تا زنده بود اجازه نداد حتی همان ویراست دوم کتاب تجدید چاپ شود ولی کسی گوش‌اش بدهکار حرف و خواست خود نویسنده هم نبود!
دکتر محمود فتوحی رودمعجنی استاد ادبیات دانشگاه فردوسی مشهد که در سال‌های دور، از شاگردان دکتر زرین‌کوب بوده است، در گفت‌وگویی با ایلنا درباره این کتاب حرف زده و به صراحت گفته است: «کتاب دو قرن سکوت از حیث تحقیقی و سندیت چندان معتبر نیست.»
او گفته است: حقیقت این است که شهرت این کتاب بیش از آن که مرهون ارزش و اعتبار علمی‌اش باشد، حاصل محتوای ایدئولوژیک آن است. این متن نمایندگی می‌کند از احساسات ملی‌گرایانه ضد عرب در ایران معاصر.
فتوحی با اشاره به این‌که چاپ اول این کتاب در سال ۱۳۳۰ و ویراست دوم در سال ۱۳۳۶ منتشر شده است و بعد از رحلت استاد هم بخشی از کتاب خدمات متقابل اسلام و ایران، شهید مطهری را بر مقدمه آن افزودند؛ پرسیده است: سؤال این است چرا همه دنبال تحریر اول هستند؟ با وجود این‌که تحریر دوم محققانه‌تر شده است. چرا می‌گویند تحریر اول؟ جواب روشن است. کسی با مقاصد علمی و تحقیقی دو قرن سکوت را نمی‌خواند. این کتاب بیش از آن که یک متن علمی در تاریخ باشد به یک متن نمادین بدل شده و به بطن باورها و ایدئولوژی ملی‌گرایی سوق یافته است.
وی با بیان این‌که « ما شاگردان از خودشان هم می‌شنیدیم که کتاب را حاصل ایام جوانی می‌دانست» اضافه کرده است: می‌گویند که پس از سال ۱۳۳۶ تا زمان حیاتشان اجازه انتشارش را نداد. استاد این کتاب را تحت تأثیر هیجانات ملی ایام جوانی در 29 سالگی نوشت، به قول منتقدی «تاریخ‌نویسی با طعم احساس» بود و متأثر از گفتمان مسلط ملی‌گرایی در دانشگاه آن روز.