در ذی‌الحجه 1216 هـ‌.ق كه اوایل حكومت فتحعلی‌شاه محسوب می‏شود، فرقه انحرافی وهابی در حمله‌‏ای وحشیانه به عتبات عالیات در عراق، قتل و غارت وسیعی انجام دادند و به‌ویژه به حرم مطهر امام حسین(ع) و حضرت علی(ع) صدمه فراوان رسید و بسیاری از مجاوران و زائران آن اماكن مقدس كشته شدند. وقتی این خبر هولناك به دربار ایران رسید، فتحعلی‌شاه به عنوان حاكم شیعه‌مذهب كه علایق مذهبی شدیدی هم از خود نشان می‏داد، اسماعیل‌بیگ بیات را به نزد سلیمان‌پاشا، والی بغداد فرستاد و از وی تنبیه وهابیان را خواستار شد. شاه قاجار حیدرخان شیرازی را در 1235 ق. به سفارت مصر اعزام نمود و طی نامه‌ای از محمدعلی‌پاشا والی آنجا خواستار تنبیه وهابیان شد و در آن تهدید كرده بود كه اگر به خواسته‏‌اش ترتیب اثر داده نشود، خود اقدام می‏كند.
فتحعلی‌شاه برای تعمیر و بازسازی مرقدهای شریف عراق اقداماتی انجام داد. از جمله بعد از خرابی وهابی‌ها دستور داد طلاهایی كه عمویش آقامحمدخان وقف كرده بود، برای طلاكاری حرم امام حسین(ع) روانه كربلا شود. این كار توسط محمدعلی‌خان رئیس دیوان به همراهی 2000 نفر از بلوچ‌ها انجام شد. این گروه وقتی به كربلا رسیدند، آن شهر را فاقد حصار و دیوار دفاعی یافتند كه در مقابل تهاجم دشمنان بی‏حفاظ می‌نمود. در نتیجه با همكاری سیدعلی طباطبایی، صاحب ریاض حصاری بر دور شهر كشیدند. در این حصار كه به همت كارگران و معماران بلوچ ساخته شد، شش دروازه تعبیه شده بود.
علاوه‌بر این به دستور فتحعلی‌شاه صندوق حرم مطهر امام حسین(ع) كه در حمله وهابی‌‏ها صدمه دیده بود، تعمیر شد و ایوان روضه مقدسه در سال 1232ق. به دستور یكی از همسران شاه طلاكاری شد. در همین سال طلاهای گنبد امام حسین(ع) كه به علت عدم كیفیت جلای خود را از دست داده بود، به دستور فتحعلی‌شاه با طلاهای مرغوب از خزانه شاهی تعویض شد و با طلاهای قبلی، مراقد شریف كاظمین تذهیب شد.
ارادت فتحعلی‌شاه به فرزندانش نیز منتقل شده است. ام‌سلمه دختر فتحعلی‌شاه كه به «گلین خانم» نیز شهرت دارد، دعای پرفضیلت صباح امیرالمومنین علی (ع) را به خط نسخ خفی و شیوه رنگه‌نویسی در سال 1255 قمری كتابت كرده است. این اثر هم‌اكنون در موزه ملی ملك نگهداری می‌شود.