وینفرد شفر سرانجام شكایت كرد و وعده مسؤولان استقلال برای حل مشكل این مربی از طریق توافق دوستانه پوچ از آب درآمد. به این ترتیب میراث مدیر بعدی استقلال از همین حالا مشخص شده و شك نكنید در آینده‌ای نه چندان دور، مثل پرونده پروپئیج پرونده شفر هم باشگاه را در مخصمه بزرگی قرار می‌دهد. روزی باشگاه استقلال می‌توانست با پرداخت تنها 30 هزار دلار پرونده پروپئیچ را ببندد، ولی پول را نداد تا این بازیكن شكایت كند و حالا مجبور به پرداخت 440 هزار دلار شود. شك نكنید در صورت شكایت شفر هم رقم به مراتب از رقمی كه فعلا او درخواست كرده بیشتر خواهد بود چون فیفا مبلغ را مشمول جریمه هم می‌كند.
در حال حاضر طلب این مربی از استقلال بالای ده میلیارد تومان است. شفر در این باره گفته است: «متاسفانه با وجود درخواست من برای تسویه پول قرارداد فصل قبلم، باشگاه بدقولی كرد. به من گفتند این رقم را پرداخت می‌كنیم، اما به شرط این‌كه بابت فصل جدید پولی دریافت نكنی، این در حالی است كه باشگاه با من قرارداد داشت، اما اخراجم كرد. به همین خاطر من حقم را می‌خواستم. این بود كه طلبم را ندادند و به همین خاطرتصمیم گرفتم تا شكایت كنم. 300 هزار دلار از پول فصل قبلم مانده و باید از فصل جدید هم به من 500 هزار دلار بپردازند.»
رقم حالا مشخص شده. شفر از استقلال شكایت كرده تا 800 هزار دلار از این باشگاه بگیرد. همین حالا پرونده 440 هزار دلاری پروپئیچ باعث شده تا كل مملكت برای استقلال دست به كار شوند، بنابراین چندی بعد دوباره باید همه و همه بسیج شوند تا شاید مشكل پرونده شفر هم حل شود. خیلی‌ها اعتقاد داشتند باشگاه باید در این زمینه بهتر عمل می‌كرد. البته مربی آلمانی هم روی دور لج و لجبازی با باشگاه افتاد. او اعتقاد داشت استقلال با آبرویش بازی كرده است. شفر تاكید داشت رفتاری كه با او شد، رفتاری انسانی نبود، به‌ویژه وقتی تعلیقش كردند تا مجبور شود بلاتكلیف در تهران بماند. او به محض آن‌كه قرارداد خود را با باشگاه بنی یاس امارات نهایی كرد تصمیم گرفت تا شكایت خود را از استقلال رسمی كند.
این مربی بعد از امضای قرارداد با اماراتی‌ها نامی از استقلال نیاورد و در اولین صحبت‌های خود گفت: «خوشحال هستم که دوباره به امارات برگشتم. این كشور مثل خانه دوم من است. بعد از گذشت ده سال از حضور در امارات با تیم‌های الاهلی و العین از مسؤولان باشگاه بنی یاس تشكر می‌كنم.» او ادامه داد: «احساس می‌كنم به همراه تیم بنی یاس مدتی طولانی خواهم بود، چون به تجربه جدیدم در اینجا خوشبین هستم. مهم‌ترین نكته این است كه این باشگاه حرفه‌ای و به دنبال اهداف والاست، به‌همین خاطر از اینجا اعلام می‌كنم هیچ فردی مهم‌تر از تیم نیست و تیم شماره یك برای ماست.»
شفر در استقلال هم چنین اظهاراتی كرده بود ولی خیلی از بازیكنان اعتقاد داشتند او نمی‌توانست هیچ چیز را مدیریت كند و به همین خاطر بارها باعث بروز مشكلاتی عدیده حتی بین بازیكنان تیم شد. ولی فارغ از همه این بحث‌ها، مهم‌ترین نكته شكایت شفر است؛ موضوعی كه تمام فوتبال ایران و حتی یك مدیر پرسپولیسی مثل رویانیان به همین خاطر به مسؤولان استقلال هشدار داده بودند.