سید‌علی آیت از روزگار كودكی و زندگی خانوادگی‌شان هم روایت‌های جذابی دارد. او می‌گوید: ویژگی‌های اخلاقی برادرم كاملا منحصر به خود او بود. یادم هست وقتی بچه‌های محل به بازی‌های دسته‌جمعی می‌پرداختند، معمولا شركت نمی‌كرد و اگر هم گاهی شركت می‌كرد، فضا را به شكل مدبرانه‌ای به سمت یك محفل اخلاقی و علمی سوق می‌داد.
عادات كودكی و نوجوانی شهید آیت موضوع دیگری است كه در خلال صحبت‌های برادر مدام به آن اشاره می‌شود.
 سید‌علی درباره سید‌حسن این‌طور اظهارنظر می‌كند: برادرم داستان‌های تاریخی و روایت‌های مذهبی زیادی را از حفظ بود و بیان گرم و شیوایی هم داشت، به‌خصوص داستان‌های دنباله‌داری چون قصه حضرت یوسف(ع) یا داستان‌هایی از جنس بینوایان ویكتور هوگو را تعریف می‌كرد و همه را مشتاق شنیدن قسمت‌های بعدی داستان نگه می‌داشت.  
او می‌افزاید: قصه‌ها را هم به‌قدری شیرین تعریف می‌كرد كه افراد كار و زندگی و بازی خود را رها می‌كردند و منتظر می‌ماندند او دنباله قصه را تعریف كند. یكی دیگر از ویژگی‌های او، تقید به انجام تكالیف دینی بود. او از هفت هشت سالگی همراه پدر به مسجد می‌رفت و در نماز جماعت شركت می‌كرد. هنگام غروب هم در جلوی ایوان خانه در كنار پدر با صدای بلند اذان می‌گفت!
سیدعلی ادامه می‌دهد: خانواده ما به‌رغم این‌كه امكانات مالی مناسبی نداشت، اما به دلیل زمینه‌های مذهبی و فرهنگی قوی، بستر مناسب و آماده‌ای برای رشد فضایل اخلاقی بود. جد مادری ما می‌رسید به آیت‌ا... علی نجف‌آبادی از مجتهدان معروف زمانه خود و صاحب فضایل و كرامات بی‌شمار می‌رسید. ایشان با وجودی كه مجتهد بزرگی بود از خود رساله‌ای باقی نگذاشت، زیرا معتقد بود با توجه به تغییر مسائل در گذر زمان، فتاوا هم تغییر می‌كنند و لذا اظهار نظر مكتوب چندان ضرورتی ندارد و رساله‌های افراد پس از فوت آنها از اعتبار می‌افتند و چندان استفاده‌ای ندارند.
او به بیان خاطره‌ای از زندگی جد مادری شان پرداخته و بیان كرد: گفته می‌شد عوامل حاكم وقت اصفهان هنگام سخنرانی ایشان، معابر را می‌بستند و با ضرب و شتم حضار و بازداشت وی در كنسولگری روس، مانع منبر رفتن ایشان می‌شدند.
برادر شهید آیت می‌گوید: عوامل و اوباش وابسته به حاكم اصفهان و كنسولگری روس، یك بار به منزل ایشان در نجف‌آباد حمله كردند و به ضرب و شتم ساكنان خانه پرداختند و در این میان ضربه‌ای به شكم همسر باردار ایشان خورد كه موجب شد پسری كه به دنیا آمد تا آخر عمر با اختلالات جسمی و روحی فراوانی دست به گریبان باشد! در آن جریان آیت‌ا... نجف‌آبادی را بازداشت كردند، اما به دلیل اعتراض مردم، حاكم اصفهان و كنسول روس ناچار می‌شوند ایشان را آزاد كنند. كنسول روس اموال مسروقه را پس می‌دهد، ولی اموال مسروقه توسط عوامل حكومتی اصفهان برگردانده نمی‌شوند!
سید‌علی آیت ادامه می‌دهد: جد پدری ما مرحوم حاج سید‌محمد نوریان، از خیرین معروف نجف‌آباد و مرجع حل مشكلات اهالی محل زندگی خود بود كه به دلیل مخالفت با رفتارهای ضد‌اسلامی رضاخان، در اواخر عمر مدتی در بازداشت و زندان به سر برد و سرانجام با اعمال نفوذ آیت‌ا... آیت نجف‌آبادی از زندان آزاد شد. ایشان هم فرد تحصیلكرده‌ای بود و تحصیلات حوزوی را تا حد اجتهاد ادامه داد، اما بعدها به دلایلی، تحصیلات حوزوی را رها كرد و به كشاورزی پرداخت.