بیژن الهی در طول زندگی خود دوبار ازدواج کرد. در سال 1348 با غزاله علیزاده، نویسنده و در سال 1367 با ژاله کاظمی، گوینده و مجری تلویزیون. ازدواج اول الهی دو سال و ازدواج دوم او 12 سال عمر می‌کند. مسعود کیمیایی در جایی درباره ازدواج الهی گفته است: «ماجرای ازدواجش با ژاله كاظمی كاملا از طریق من صورت گرفت. ماجرا این‌طور بود كه یك روز بیژن به من تلفن كرد و گفت من عاشق شدم، عاشق كسی شدم كه تو می‌شناسیش و دست توست. گفتم كیه؟ كه گفت و من هم تلفن كردم به ژاله و ماجرا را برایش تعریف كردم. زمانی كه می‌خواست با ژاله ازدواج كند من و «شمیم بهار» شاهدش بودیم.»
درباره ازدواج الهی و علیزاده -که ثمره آن دختری به نام سلمی است با مادرش زندگی می‌کند-حرف و سخن بسیار است. محمود شجاعی یکی از نزدیک‌ترین دوستان بیژن الهی و از کسانی است که همراه الهی در فضای «شعر دیگر» فعالیت می‌کرده‌اند. او ازدواج اول الهی را این‌چنین روایت ‌می‌کند:
«پدر همسر آن سال‌هایش (یعنی آقای علیزاده) از درویش‌های خوشنام باکردار جناب حاجی‌مطهر؛ سرسلسله خاکسار ابوترابی بود. در آن دوره وقتی غزاله قضیه آشنایی با بیژن را برای پدرش تعریف کرد ایشان برای ازدواج شرطی گذاشت؛ گفته بود به این شرط که «پیرش» بیژن را ببیند و نظر دهد. بیژن، غزاله و آقای علیزاده پیش جناب حاجی مطهر به خانقاه دروازه دولت تهران رفتند و ایشان به هرعلتی با این ازدواج موافقت کردند. به این ترتیب بیژن و غزاله ازدواج می‌کنند.»
بعد از مدتی الهی به واسطه پدر همسر خود و رفت و آمدهایش با جناب حاجی مطهر، با «شیخ جعفر مجتهدی» آشنا و به او علاقه‌مند می‌شود. او به یاری شخصی به نام «سیدجلال» که پیشکار پدر غزاله علیزاده بود، چندباری موفق می‌شود به دیدار شیخ برود. آن‌طور که دوستان نزدیک الهی می‌گویند او با همین چند دیدار شیفته شیخ‌جعفر می‌شود. حتی من کتابفروشی را می‌شناسم که برایم تعریف می‌کرد یک‌بار الهی به صورت تلفنی کتاب «در محضر لاهوتیان» که شرح احوالات شیخ مجتهدی است را از او خریده است. اما از بخت بد پیش از آن‌که الهی بتواند تصمیم خود را برای انتخاب شیخ جعفر به عنوان پیر خود بگیرد، مسأله جدایی از غزاله پیش می‌آید و به این ترتیب ارتباط الهی با آقای علیزاده، حاجی مطهر و شیخ جعفر مجتهدی قطع می‌شود.