خاک: منبع آلودگی بسیاری از بیماری‌های گیاهی مثل قارچ‌های عامل پوسیدگی ریشه، باکتری‌ها و نماتدها در خاک زندگی می‌کنند. این عوامل قادرند بدون حضور میزبان(گیاه آلوده) در خاک زنده بمانند. بنابراین بهتر است گیاهان را در خاک‌های ضدعفونی شده کاشت.   
 بقایای گیا هی : بعضی عوامل بیماری‌زا می‌توانند مدت‌ها در بقایای مرده گیاهی زندگی کنند . مثل چه؟ مثلا در باغات روی چوب‌های هرس شده و در خانه روی برگ‌های ریخته شده پای گلدان. پس حذف چنین بقایایی کمک زیادی به کنترل بیماری می‌کند.
  گیاه زنده : بعضی دیگر از عوامل بیماری‌زا روی گیاه زنده یا علف‌های هرز زندگی می‌کنند. این عوامل در شرایط مناسب محیطی، به سرعت شیوع پیدا می‌کنند؛ بنابراین حذف علف‌های هرز یا قسمت آلوده گیاه و هرس‌کردن در کنترل این عوامل بیماری زا موثرند .
اندام‌های تکثیری گیاهان مثل بذر، قلمه، پیوندک، پیاز یا غده:بعضی بیماری‌های گیاهی مثل پژمردگی‌های آوندی در گیاهانِ حاصل از اندام تکثیری آنها نیز به وجود می‌آیند و بهترین راه کنترل‌شان، کاشت اندام تکثیری سالم یا ضدعفونی کردن آنهاست.
 آب و هوا: بسیاری از قارچ‌ها، از طریق هوا و باد منتقل می‌شوند .
اغلب، قارچ‌های به وجود آورنده پوسیدگی‌های ریشه و باکتری‌ها، از طریق آب منتقل می‌شوند .تنظیم آبیاری و زهکشی خاک، مناسب ترین راه برای جلوگیری از این بیماری‌هاست.
روش‌های ضدعفونی خاک
ضد عفونی کردن خاک برای گلدان‌های خانگی بسیارآسان است . برای این منظور می‌توانید فر گاز خود را تا 180درجه فارنهایت ( 80 درجه سلسیوس) گرم کرده و خاک مورد نیاز خود را در یک فویل آلومینیومی ضخیم ریخته و داخل فر قرار دهید تا در دمای 200 درجه فارنهایت به مدت نیم ساعت حرارت ببیند. خوب است چند بار آن را زیر و رو کنید تا حرارت به طور یکنواخت توزیع شود. چه بهتر این‌که دو ماه خاک را در انبار قرار داده تا میکروارگانیسم‌های مفیدی که بر اثر حرارت از بین رفته اند دوباره افزایش پیدا کنند و بعد خاک را استفاده کنید. ممکن است به خاطر بوی بد ایجاد شده نخواهید این کار را در داخل منزل انجام دهید یا اصلا فر نداشته باشید. می‌توان به جای آن در قابلمه چنین کاری را انجام داد. خاک مورد نیاز را در قابلمه ریخته و به مدت 20 دقیقه با دمای 80 درجه حرارت دهید. چند بار آن را هم بزنید تا حرارت به تمام قسمت‌های خاک برسد. در یک روش دیگر می‌توان با افزودن 5درصد خاکستر زغال و 5درصد تفاله چای به خاک، آن را ضد‌عفونی کرد. برای ده کیلو خاک از هر کدام نیم کیلو کافی است.