آنها به‌دلیل ناکافی دانستن تفسیر رسمی روحانیت از دین و براساس تاثیری که از آثار مهندس بازرگان گرفتند، به تدوین ایدئولوژی دینی و سیاسی خود پرداختند و کوشیدند متونی را بخوانند که به نوعی آنان را در میانه ایده‌آلیسم و ماتریالیسم حرکت داده و به هدف مطلوب برساند. سران سازمان بدون داشتن علم اجتهاد و بدون مطالعه در متون اصیل اسلامی به خود اجازه دادند بر مبنای دیدگاه‌های مادی مارکسیسم، قرآن و نهج‌البلاغه را تفسیر کنند. کتاب راه‌ طی‌شده مهندس بازرگان از اصلی‌ترین متون مورد استفاده آنها بود که شاه‌بیت کتاب او این بود که «اگر راه انبیا و راه بشر یکی است، پس راه مارکس و لنین هم مانند راه انبیا است.‌»  و در نتیجه یافته‌های جدید از دل کتاب‌های مارکسیستی و مادی درمی‌آمد اما لاجرم می‌بایست رنگ مذهبی پیدا می‌کرد. برای همین برای هرکدام از یافته‌های مارکسیستی خود باید توجیه مذهبی پیدا می‌کردند. با این‌که میان مذهب و ماتریالیست تضاد آشکاری وجود داشت ولی برای پوشش این تضاد هرگاه مذهب از پاسخ منطقی به سؤالی عاجز بود، با توسل به ماتریالیسم علمی جواب می‌دادند و هرگاه مسأله‌ای احساسی و عاطفی به‌وجود می‌آمد و در قالب ماتریالیسم نمی‌گنجید، با توجیه مذهبی و وظیفه شرعی پاسخ می‌گرفت. در واقع سازمان از شعائر مذهبی، پوششی برای افکار مارکسیستی خود استفاده کرده بود تا بتواند از همبستگی و ظرفیت جامعه مذهبی که قیام 15خرداد را خلق کرده بود، نهایت استفاده را ببرد.

سازمان در ابتدای تاسیس هیچ فرد غیرمسلمانی را به عضویت نمی‌پذیرفت. با این توضیح که شرط مسلمان بودن از نظر سازمان الزاما این نبود که فرد، مقید به انجام همه واجبات باشد. سازمان نماز و دیگر واجبات را در عین‌حال که برای یک مسلمان امری ضروری می‌دانست، لیکن افرادی را نیز که اصول مکتب اسلام را پذیرفته و در انجام نماز یا روزه تعلل می‌ورزیدند، مشروط بر این‌که حائز دیگر شرایط عضویت می‌بودند، به عضویت می‌پذیرفت.1

عجز آنها از درک عمیق مبانی اسلامی یا به عبارتی اصالت دادن آنها به دیالکتیک ماتریالیستی باعث شده بود به‌راحتی و بدون هیچ مقاومتی بپذیرند که در کنار اسلام باید مارکسیسم را نیز پذیرفت. سران سازمان، متون مذهبی مثل قرآن و نهج‌البلاغه را از دیدگاهی روشنفکرانه بازشکافی می‌کردند و این تفاسیر غالبا با تفاسیری که در مساجد و توسط روحانیت سنتی تبلیغ می‌شد همسان نبود.2

آقای ربانی‌شیرازی در خاطراتش تاکید می‌کند: «وقتی زندان با اعضای سازمان هم‌بند بودم، متوجه شدم دستورات دینی را به‌خوبی نمی‌دانند؛ وضو را غلط می‌گیرند، نماز را گرچه با آب و تاب ولی غلط می‌خوانند.»3

به‌ هر روی بعد از اتفاقات سال50 و مخفی نگه‌داشتن ایدئولوژی مارکسیسم و تظاهر به شعائر اسلامی، با روی کار آمدن تقی‌ شهرام به‌عنوان رهبر جدید سازمان، ماهیت واقعی سازمان رفته‌رفته برای دیگران آشکار شد. سازمان دانشجویان مسلمان ایرانی در آمریکا‌، سال 54 و در اعتراض به این تغییر ایدئولوژی در بیانیه‌ای برای اولین‌بار واژه «منافق» را به تعدادی از اعضای سازمان ازجمله تقی‌ شهرام نسبت دادند و این حرکت را به‌مثابه پایمال‌کردن حرکت 10ساله مجاهدین تلقی کردند.4

عده‌ای از اعضا بر آن شدند تا مانع آشکار شدن این تحولات در سازمان شوند. تا سال 1348 به‌جز افراد معدودی مانند بهمن بازرگانی، مسعود رجوی و تقی شهرام، نیروهای جذب‌شده دارای انگیزه‌های قوی و صددرصد مذهبی بودند که دنبال آغاز مبارزه بودند. ترس از موضعگیری گروه‌های مبارز مذهبی از یک‌سو و از دست‌ دادن اعضا و هواداران مذهبی سازمان از سوی دیگر باعث شد اعضایی که مبانی و اصول مارکسیسم را پذیرفته‌بودند، اعتقادات مارکسیستی خود را موقتا مخفی کرده و در ظاهر عبادات و اعمال مذهبی را انجام دهند.5

مصداق این رفتار، بهمن بازرگانی در زندان است. بهمن بازرگانی پس از مطالعه درباره مارکسیسم در زندان صراحتا به موسی خیابانی و مسعود رجوی اعلام می‌کند که مارکسیسم را پذیرفته است و به لحاظ فلسفی و نظری دیگر مسلمان محسوب نمی‌شود؛ بنابراین نماز‌خواندن او تظاهر است و تظاهر به نماز هم نفاق است. رجوی به او می‌گوید: تو فعلانماز بخوان ولی تا سه سال اعلام نکن.6
 
تظاهر به مسلمانی،  تنها تاکتیکی بود که سازمان در آن شرایط پیش گرفت. رجوی همراه موسی خیابانی در زندان بود و با عیان کردن مشیء مارکسیستی سازمان توسط تقی شهرام موافق نبود. آنها مدعی ادامه راه مجاهدین اولیه تحت لوای اسلام بودند ولی گرایش مارکسیستی آنها محفوظ بود. محمدکاظم موسوی‌بجنوردی می‌گوید: «در جلسات هفتگی که در زندان میان گروه‌های مختلف جریان چپ، مذهبی‌ها و روشنفکران برگزار می‌شد، یک فرد به نمایندگی از هر گروه انتخاب می‌شد تا با نمایندگان دیگر مناظره کند. رجوی به نمایندگی از گروه مسلمانان شرکت می‌کرد. بعد از پایان جلسه، گزارش کار داد و گفت: بیژن جزنی پیشنهاد کرده است خودش نماینده مارکسیست‌ها باشد و من (رجوی) نماینده مسلمان‌ها؛ نپذیرفتم و به جزنی گفتم ما هم مارکسیست هستیم! با تعجب پرسیدم: واقعا مارکسیست هستی؟ گفت: بله؛ تا به‌حال که موفق بوده‌ایم و همه ما را پذیرفته‌اند، در آینده هم همین‌طور خواهد بود.»7

مسعود رجوی این «نفاق» را در مسائل سیاسی نیز به کار می‌بست. او در عین این‌که خود را یک مبارز معرفی می‌کرد، به شکلی منافقانه با ساواک همکاری داشت به‌گونه‌ای که به‌دلیل همین همکاری‌ها، مورد تقدیر و تخفیف در مجازات قرار گرفت. به استناد یک سند محرمانه، ارتشبد‌نصیری، رئیس وقت ساواک طی گزارشی درباره همکاری رجوی با ساواک نوشت: «نام‌برده بالا [مسعود رجوی]... که در دادگاه تجدید‌نظر نظامی به اعدام محکوم گردیده، بعد از دستگیری در جریان تحقیقات، کمال همکاری را در معرفی اعضای سازمان مکشوفه به‌عمل آورده و اطلاعاتی در اختیار گزارده [که] از هر جهت در روشن شدن وضعیت شبکه مزبور مؤثر و مفید بوده و پس از خاتمه تحقیقات نیز در داخل بازداشگاه همکاری‌های صمیمانه‌ای با ماموران به‌عمل آورده لذا به‌نظر این سازمان، استحقاق ارفاق و تخفیف در مجازات را دارد...»8

رجوی رفته‌رفته به مغز متفکر و تنها تصمیم‌گیرنده سازمان در زندان بدل شد. هدف او از پیوند مارکسیسم و اسلام در کنار نفی تغییر موضع سازمان از یک‌سو و مقابله با روحانیونی که مارکسیسم را نقد می‌کردند از سوی دیگر، نشان می‌دهد برای حفظ سازمان محتاج به حمایت و همراهی با هر دو قشر بوده است. خط نفاقی که رجوی به‌صورت عیان‌تر پایه‌گذار آن شد و در جریانات بعد از پیروزی انقلاب اسلامی نیز ادامه‌دار بود. تقی ‌شهرام، سران جدید سازمان به رهبری مسعود رجوی را افراد قدرت‌طلبی می‌دانست که نه دین دارند و نه مسلک سازمان را دارند؛ آنها فقط می‌خواهند تشکیلات‌شان را حفظ کنند و به‌دنبال ارضای میل قدرت‌طلبی‌شان هستند. آنها منافق هستند؛ در ظاهر مسلمان هستند و در باطن مارکسیست.9

1-احمدی روحانی، پیشین، صص 65-66
2-نجات‌حسینی محسن، برفراز خلیج‌فارس، ص 51
3-جعفریان رسول، پیشین، ص 569 
4-جعفریان رسول، ص 629
5-نظری‌کهره  فاطمه، امام ‌خمینی و مهار فتنه بنی‌صدر و منافقین، ص 98
6-میثمی لطف‌ا...، پیشین، صص 198- 403
7- موسوی‌بجنوردی محمدکاظم، مسی به رنگ شفق، صص 149-150
8- آرشیو مرکز اسناد انقلاب اسلامی
9-روزی‌طلب محمدحسن، محبوبی محمد، رعد در آسمان بی‌ابر، ص 25