تا وقتی بازداشت بود، به كسی اجازه ملاقات یا خبری از او نمی‌دادند. نزدیك اعدامش یك ملاقات كوتاه به برادرهایم دادند و پسرش، آقا مهدی را هم بردند كه او ببیند. بعدها آقای عمری برایمان گفت: خلیل را به‌قدری شكنجه می‌دادند كه وقتی به سلول برمی‌گشت، بی‌هوش می‌شد! هرچه هم به او می‌گفتیم: حرفی بزن و خودت را از این وضع خلاص كن، همان جمله همیشگی‌اش را تكرار می‌كرد كه: «حسرت آخ را به دلشان خواهم گذاشت!» خدا رحمتش كند. روزهای آخر در خانه مدام این شعر را می‌‌خواند: «هیا! احمقا! شه‌پرستی خطاست/ پرستش سزاوار یكتا خداست».
آنها سر و ته پرونده را سریع به هم آوردند. وقتی خلیل را دستگیر كردند، شهید نواب به او گفته بود: «یك وقت وكیل نگیری، چون معنایش این است كه از خدا به انسان‌ها متوسل شده‌ای!» قدر مسلم این‌كه جنازه‌های نواب، ذوالقدر، خلیل و واحدی را در قسمت شمالی مسگرآباد دفن كردند. وقتی خواستند نبش قبر كنند و جنازه‌ها را به قم ببرند، من در مورد جنازه خلیل اجازه ندادم! بعدها پسرش داد بالای سر قبر خلیل آب‌نما درست كردند.