هرگز نمی‌توان گفت یک جراحی بدون عارضه انجام خواهد شد و در واقع ساده‌ترین عمل‌های جراحی نیز با خطر بروز عوارض همراه بوده و جراحی تومورهای مغزی هم از این قاعده مستثنا نیست.
می‌توان عوارض ناشی از جراحی تومورهای مغزی را به چند دسته تقسیم کرد؛ گروهی از عوارض مربوط به آسیب بافت عصبی مجاور آن تومور است که طبیعتا بستگی به محل تومور و قرارگیری آن در نزدیکی عناصر حیاتی و مهم مغزی دارد؛ مثلا توموری که نزدیک عصب بینایی باشد با خطر کاهش بینایی همراه است ولی معنی‌اش این نیست که به دنبال عمل جراحی این اتفاق خواهد افتاد و قطعا جراح تلاش خود را برای حفظ و سالم نگه‌داشتن عصب بینایی به کار خواهد برد اما خطر آسیب به آن وجود دارد. موارد مشابه این عارضه می‌تواند کاهش شنوایی، اختلال تعادل، ضعف یا فلجی در اندام‌ها و صورت و کاهش حس‌لامسه باشد.
اما عوارض دیگری هم ممکن است به دنبال عمل جراحی اتفاق بیفتد که تا حدود زیادی به عوامل خطرزا در خود بیمار بستگی دارد؛ مثلا ایجاد لخته در وریدهای اندام تحتانی و حرکت این لخته به سمت ریه که به آن «آمبولی‌ریوی» می‌گویند از جمله این عوارض است. موارد دیگری مانند خونریزی گوارشی، عفونت ریوی، عفونت محل جراحی و... ممکن است در هر عمل جراحی اتفاق بیفتد. این عوارض در سنین بالا و در عمل‌های طولانی‌تر و پیچیده‌تر و در افرادی که دچار بیماری‌های همراه مانند دیابت، مشکلات قلبی، ریوی، کلیوی و... هستند بیشتر دیده می‌شود.
در اینجا لازم است به تشنج نیز به عنوان یک عارضه اشاره کنیم. بسیاری از بیماران قبل از انجام جراحی دچار تشنج می‌شوند و بسیاری دیگر هم پس از آن در بیمارستان یا حتی پس از ترخیص در منزل ممکن است دچار تشنج شوند. به عبارت دیگر هرگونه تحریک بافت عصبی مغز با تومور یا انجام جراحی می‌تواند سبب بروز تشنج شود. در صورتی که ریسک بروز تشنج زیاد باشد جراح برای پیشگیری از آن داروی ضدتشنج تجویز خواهد کرد اما حتی دریافت این دارو هم به معنی پیشگیری کامل از رخ‌دادن تشنج نیست و خصوصا در هفته‌های اول پس از عمل این خطر بیشتر خواهد بود و لازم است بیمار مراقبت‌هایی جدی داشته باشد.