از سال ۱۹۶۷ میلادی و بنا بر توافق اردن و رژیم صهیونیستی، اداره داخلی مسجدالاقصی مبتنی بر وقف (Waqf)  یا اعتماد اسلامی شد و امنیت خارجی آن نیز مقرر شد توسط رژیم صهیونیستی تامین گردد. همچنین براساس این توافق غیرمسلمانان می‌توانند تنها در ساعت‌های تعیین‌شده برای بازدید وارد این محوطه شوند و اجازه ندارند كه در این مكان عبادت كنند. اگرچه خاخام‌های یهودی، مومنان یهود را از ورود به مسجدالاقصی منع كرده‌اند اما به‌تدریج بسیاری از گروه‌های یهودی عمدتا افراطی با سوء استفاده از موقعیت خود و با استمداد از نیروهای پلیس رژیم صهیونیستی حضور خود را در مسجدالاقصی افزایش دادند. به طوری كه امروزه نیروهای اسرائیلی به‌طور روزمره به گروه‌های یهودی كه گاه شمار آنها به صدها نفر می‌رسد اجازه می‌دهند تا تحت حمایت پلیس و ارتش، وارد مسجدالاقصی شوند. از سوی دیگر رژیم صهیونیستی می‌كوشد ورود فلسطینی‌ها را به داخل مسجدالاقصی هر روز محدود تر كند و این سیاست را به شیوه‌های مختلف پیش می‌برد. هم اكنون از مجموع سه میلیون فلسطینی كه در سرزمین‌های اشغالی كرانه باختری به سر می‌برند اما تنها آنهایی اجازه ورود به بیت المقدس در روزهای جمعه را دارند كه سن‌شان بیش از 40 سال باشد. سالگرد «تخریب هیكل» یكی از مراسم‌های مذهبی یهودیان است كه آن را روز عزای عمومی اعلام كرده و روزه می‌گیرند.