سازمان برنامه و بودجه ضمن تكذیب ادعای رسانه‌های اصلاح‌طلب اعلام كرد: تمام فعالیت‌های اقتصادی در نهادهای انقلاب اسلامی اعم از بنیاد مستضعفان و ستاد اجرایی فرمان امام(ره) در قالب شركت‌ها صورت می‌گیرد و این نهادها مالیات خود اعم از مالیات بر ارزش افزوده و مالیات تكلیفی را پرداخت می‌كنند.
 با توجه به مطالب منتشرشده در رسانه‌ها در مورد مالیات نهادهای انقلاب اسلامی، سازمان برنامه و بودجه كشور توضیحات مهمی منتشر و تأكید كرد كه جداول بودجه دارای مبانی محاسباتی خاص بوده و به صورت حرفه‌ای تنظیم می‌شوند، به همین دلیل برای روشن شدن افكار عمومی بر چند نكته تأكید می‌شود. در این توضیح تصریح شده است تمام فعالیت‌های اقتصادی در نهادهای انقلاب اسلامی اعم از بنیاد مستضعفان و ستاد اجرایی فرمان امام(ره) در قالب شركت‌ها صورت می‌گیرد و این نهادها مالیات خود اعم از مالیات بر ارزش افزوده و مالیات تكلیفی را پرداخت می‌كنند كه این رقم برای بودجه سال ۱۳۹۹ حدود 1500 میلیارد تومان برآورد می‌شود.
در توضیح مذكور همچنین عنوان شده است شركت‌های آستان قدس رضوی كه ماهیت موقوفه‌ای دارند، مالیات خود را به خزانه می‌پردازند و از آنجا كه موقوفه‌ها معاف از مالیات هستند، منابع مالیاتی مذكور صرف فعالیت‌های محرومیت‌زدایی فرهنگی و اجتماعی آستان قدس رضوی می‌شود و این رقم برای سال ۱۳۹۹ حدود ۶۵ میلیارد تومان است. در ادامه این توضیح آمده است: علت درج عدد یك در ردیف‌های درآمدی نهادهای ذكر شده استفاده حداكثری از ظرفیت تحقق منابع مربوط بوده كه صرف هزینه‌هایی مانند عدالت آموزشی و تجهیز آموزشگاه‌های آموزش و پرورش با اولویت مناطق محروم موضوع ماده ۸۷ قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت (۲) می‌شود.