آدم فعالی بود که باز دست از کار نکشید. از آن طرف همچون مبارزه با منافقین سرلوحه کارش بود و خانه‌های تیمی را که شناسایی می‌کرد به دادستانی خبر می‌داد و با حکم آقای خلخالی دستگیرشان می‌کرد و به محاکمه می‌رسیدند، لذا اسم سیدمجتبی هاشمی به‌عنوان یک عنصری که هم در جنگ و در آبادان، منافقین را دستگیر کرده بود و هم در تهران اینها را گرفته بود و به دادگاه تحویل می‌داد، در لیست سیاه منافقین قرار گرفت. تا این‌که 28 اردیبهشت 64 در ایام نزدیک به ماه رمضان منافقین در مغازه‌ خودش، مثل شهید لاجوردی با تیر مستقیم ایشان را به شهادت رساندند. مزارش در بهشت زهرا(س) قطعه 24 ردیف 76 شماره 27 است.

آقا سید مجتبی                   اصغر فکور
آقا مجتبی                        محمد عامری
شهادت به نوبت                سیدمجید گل‌محمد
هاشمی                           علی اکبری مزدآبادی
پنجه در پنجه رئیس‌جمهور     جعفر کاظمی
شاهرخ                           گروه شهید ابراهیم هادی