به‌رغم اثرات مثبت آب‌درمانی در كاهش دردهای اسكلتی به صورت متعدد در كلینیك با بیمارانی مواجه می‌شویم كه با شنا و آب‌درمانی دردشان بیشتر شده و با ناراحتی و كوفتگی بیشتری در مفاصل مواجه می‌شوند.
كاهش وزن وارد شده بر مفاصل در آب اولین علت مفید بودن حركت درمانی در آب است كه مانع فرسایش بیشتر مفاصل و ایجاد التهاب بیشتر می‌شود. ویژگی دیگر آب ایجاد یك مقاومت یكنواخت و كلی به تمام عضلات بدن در انجام تمرینات درمانی است كه باعث تقویت همه آنها می‌شود. پس افراد باید قبل از شروع درمان، حركات درمانی در آب را از فیزیوتراپیست خود یاد بگیرند و برنامه آب‌درمانی خود را با او كنترل كنند.
دمای آب نباید خیلی سرد یا خیلی گرم باشد و متناسب با دمای بدن بوده و بیمار داخل آب احساس سرما نكند كه خود می‌تواند باعث بیشتر شدن اسپاسم عضلات شود. بیمار اسكلتی - عضلانی به هیچ عنوان نباید حركات یا شنای در آب را با تلاش زیاد و یا سرعت زیاد انجام دهد كه این خود می‌تواند بار زیادی را به عضلات و مفاصل اعمال كند و مانع بهبود در آب شود.
یادتان باشد برای آب‌درمانی، تمام فعالیت‌ها در آب باید به صورت غوطه‌ور‌شدن در آب و شنا باید به صورت كاملا آرام و سر خوردن روی آب انجام شود تا مانع اعمال فشار بیش از حد به ستون فقرات و دیگر مفاصل شویم.
حتی افراد سالم نیز باید توجه كنند كه به علت حركت مكرر و قدرتی شانه‌ها در عقب زدن آب برای جلو رفتن و ایجاد چرخش مكرر در آنها، گیرافتادن تاندون عضلات چرخاننده در مفصل و متورم و دردناك شدن آن بسیار شایع است. بنابراین افزایش تدریجی مسافت و سرعت شنا در جلسات متعدد و انجام تمرینات تقویتی كمربند شانه‌ای در پیشگیری از این آسیب بسیار مهم است.
 شیرجه‌های مستقیم و غیر‌اصولی در آب، شنا كردن بدون ایجاد چرخش ستون فقرات در آب و ضعف عضلات مركزی كمر سبب می‌شود تا بعد از طی مسافتی در شنا دچار اسپاسم عضلانی و كمردرد شویم. در صورت ضعف عضلات اندام‌های تحتانی و عملكرد ضعیف عضلات مركزی در زانو، با حركت شدید و شلاقی پاها هنگام شنا فشار زیادی روی رباط داخلی زانو وارد شده و در صورت تكرار این روش غلط پازدن زانودرد و آسیب به رباط گریزناپذیر خواهدبود.